PDB-2p19: Crystal structure of bacterial regulatory protein of gntR family ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p19

タイトル

Crystal structure of bacterial regulatory protein of gntR family from Corynebacterium glutamicum

要素

Transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Bacterial regulatory protein / gntR family / MCSG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhang, R. / Zhou, M. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of Bacterial regulatory protein of gntR family from Corynebacterium glutamicum
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p19.cif.gz	104.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p19.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p19_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p19_full_validation.pdf.gz	434 KB	表示
XML形式データ	2p19_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	2p19_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ddv-3 3uny-6 3un3-1 3ia7-3 3ddv-2 3m7v-2 4db3-d 3m8y-1 4lr7-3 3un5-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86088.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator

48.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulator

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.418, 106.418, 225.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

This protein may exist as monomer

#1: タンパク質	Transcriptional regulator / Bacterial regulatory protein / gntR family 分子量: 16242.502 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 105-253 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: DSM 20300, JCM 1318, LMG 3730, NCIMB 10025 / 遺伝子: Cgl0157, cg0196 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NTZ4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional regulator / Bacterial regulatory protein / gntR family

分子量: 16242.502 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 105-253 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: DSM 20300, JCM 1318, LMG 3730, NCIMB 10025 / 遺伝子: Cgl0157, cg0196 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NTZ4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1M di-Ammonium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 42476 / Num. obs: 42209 / % possible obs: 99.37 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.5 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 35.77
反射シェル	解像度: 2.1→2.158 Å / 冗長度: 19.7 % / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 4.58 / Num. unique all: 3249 / % possible all: 97.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→48.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.289 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21874	2237	5 %	RANDOM
R_work	0.17789	-	-	-
all	0.17991	42209	-	-
obs	0.17991	42209	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	0.59 Å²	0 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.78 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.042 Å	0.038 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3344	0	0	506	3850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	2.003	4593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.694	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.799	23.826	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.002	15	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.653	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.807	1.5	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.389	2	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.569	3	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.994	4.5	1104

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	173	-
R_work	0.193	3001	-
obs	-	3174	97.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 41.47 Å / Origin y: 37.956 Å / Origin z: 2.313 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0054 Å²	-0.01 Å²	0.0073 Å²	-	-0.0188 Å²	0.0119 Å²	-	-	-0.0577 Å²
L	0.2688 °²	-0.1542 °²	0.0487 °²	-	0.2744 °²	-0.0213 °²	-	-	0.4938 °²
S	0.0401 Å °	-0.0047 Å °	0.0099 Å °	-0.0567 Å °	0.0004 Å °	-0.0029 Å °	-0.0138 Å °	-0.0432 Å °	-0.0405 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 50	2 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 149	101 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	7 - 50	7 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	51 - 100	51 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	101 - 148	101 - 148
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	1 - 50	1 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	51 - 100	51 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	101 - 148	101 - 148

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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