PDB-2p05: Structural Insights into the Evolution of a Non-Biological Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p05

タイトル

Structural Insights into the Evolution of a Non-Biological Protein

要素

a non-biological ATP binding protein 1819

キーワード

DE NOVO PROTEIN / alpha/beta fold

機能・相同性

Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #210 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Smith, M. / Rosenow, M. / Wang, M. / Allen, J.P. / Szostak, J.W. / Chaput, J.C.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2007
タイトル: Structural insights into the evolution of a non-biological protein: importance of surface residues in protein fold optimization.
著者: Smith, M.D. / Rosenow, M.A. / Wang, M. / Allen, J.P. / Szostak, J.W. / Chaput, J.C.

履歴

登録	2007年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p05.cif.gz	29.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p05.ent.gz	17.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p05_validation.pdf.gz	761.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p05_full_validation.pdf.gz	764.5 KB	表示
XML形式データ	2p05_validation.xml.gz	5.7 KB	表示
CIF形式データ	2p05_validation.cif.gz	6.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k51-1 1jml-2 5lg2-d 297 2cn7-d 2m8k-d 1r03-d 2k96-d 3gf9-d 1sj7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: a non-biological ATP binding protein 1819

ヘテロ分子

10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: a non-biological ATP binding protein 1819

ヘテロ分子

A: a non-biological ATP binding protein 1819

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.460, 71.460, 55.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-300- CL

#1: タンパク質	a non-biological ATP binding protein 1819 分子量: 9723.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 250 mM sodium citrate, 100 mM sodium phosphate, 10 mM ATP, 300 mM sodium chloride, and 0.4-0.8% x/v polyethylene glycol 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.2830, 1.2834, 1.2398

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月8日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.283	1
2	1.2834	1
3	1.2398	1

Reflection

D res high: 2.8 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
4.5	1	6.6	19167	0.099	0.099	61.898	4235	100
4.3	2	4.2	17881	0.137	0.137	61.663	4184	99.9
3.9	3	4.4	16741	0.139	0.139	62.017	4259	99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.85	61.9	99.9	1	0.031	0.031	4
6.26	8.85	100	1	0.042	0.042	4.4
5.11	6.26	99.5	1	0.062	0.062	4.1
4.43	5.11	100	1	0.061	0.061	4.4
3.96	4.43	100	1	0.066	0.066	4.5
3.61	3.96	100	1	0.087	0.087	4.6
3.35	3.61	100	1	0.131	0.131	4.6
3.13	3.35	100	1	0.181	0.181	4.6
2.95	3.13	100	1	0.287	0.287	4.7
2.8	2.95	100	1	0.442	0.442	4.7
8.85	61.66	99.5	2	0.093	0.093	3.7
6.26	8.85	100	2	0.098	0.098	4.3
5.11	6.26	99.5	2	0.102	0.102	3.9
4.43	5.11	100	2	0.099	0.099	4.1
3.96	4.43	100	2	0.104	0.104	4.2
3.61	3.96	100	2	0.128	0.128	4.3
3.35	3.61	100	2	0.16	0.16	4.3
3.13	3.35	100	2	0.203	0.203	4.4
2.95	3.13	100	2	0.286	0.286	4.4
2.8	2.95	100	2	0.404	0.404	4.4
8.85	62.02	99.5	3	0.069	0.069	3.4
6.26	8.85	100	3	0.08	0.08	3.9
5.11	6.26	99.1	3	0.1	0.1	3.6
4.43	5.11	100	3	0.1	0.1	3.9
3.96	4.43	100	3	0.101	0.101	3.9
3.61	3.96	100	3	0.126	0.126	3.9
3.35	3.61	100	3	0.164	0.164	4
3.13	3.35	100	3	0.223	0.223	4
2.95	3.13	100	3	0.349	0.349	4.1
2.8	2.95	100	3	0.497	0.497	4

反射

解像度: 2.8→61.898 Å / Num. obs: 4235 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 56 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.8-2.95	4.7	0.442	1.6	2817	603	0.442	100
2.95-3.13	4.7	0.287	2.5	2684	575	0.287	100
3.13-3.35	4.6	0.181	4	2510	541	0.181	100
3.35-3.61	4.6	0.131	5.4	2288	495	0.131	100
3.61-3.96	4.6	0.087	8	2170	474	0.087	100
3.96-4.43	4.5	0.066	8.7	1866	416	0.066	100
4.43-5.11	4.4	0.061	10.6	1708	387	0.061	100
5.11-6.26	4.1	0.062	11	1331	322	0.062	99.5
6.26-8.85	4.4	0.042	16.8	1161	262	0.042	100
8.85-61.9	4	0.031	20.3	632	160	0.031	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	1.283	4.8	-7.11
1	3 wavelength	2	1.2398	3.98	-3.17
1	3 wavelength	3	1.2834	3.3	-9.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→61.898 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.899 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / SU B: 12.638 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	192	4.5 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
obs	0.241	4222	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	0.96 Å²	0 Å²
2-	-	1.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→61.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	538	0	45	0	583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.139	1.991	803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.997	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.257	22.222	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.302	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.987	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.327	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.21	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.286	1.5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.261	2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.565	3	334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.056	4.5	293

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	20	-
R_work	0.304	283	-
obs	-	303	100 %

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