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万見
- PDB-2oz6: Crystal Structure of Virulence Factor Regulator from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oz6
タイトルCrystal Structure of Virulence Factor Regulator from Pseudomonas aeruginosa in complex with cAMP
要素Virulence Factor Regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / winged helix / helix-turn-helix / transcription factor / cAMP-binding proteins / cAMP Receptor Protein / nucleotide binding proteins / DNA-binding proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-activated global transcriptional regulator Vfr
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cordes, T.J. / Bright, A.R. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Pseudomonas aeruginosa Virulence Factor Regulator.
著者: Cordes, T.J. / Worzalla, G.A. / Ginster, A.M. / Forest, K.T.
履歴
登録2007年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence Factor Regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2013
ポリマ－23,5421
非ポリマー6582
水23413
1
A: Virulence Factor Regulator
ヘテロ分子

A: Virulence Factor Regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4016
ポリマ－47,0842
非ポリマー1,3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_465-x-1,-y+1,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.950, 69.950, 147.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Virulence Factor Regulator


分子量: 23542.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAK / 遺伝子: vfr / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) DELTA CRP / 参照: UniProt: P55222
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Sodium malonate, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1981
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月17日
放射モノクロメーター: Montel 200 Multilayer Graded mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→32 Å / Num. obs: 8735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rsym value: 0.095 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique all: 876 / Rsym value: 0.377 / Χ2: 0.881 / % possible all: 99.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.449 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.492
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å36.8 Å
Translation3 Å36.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1G6N, chain A

1g6n


解像度: 2.8→30 Å / FOM work R set: 0.812 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 413 4.7 %random
Rwork0.19 ---
obs-8706 99.7 %-
溶媒の処理Bsol: 35.926 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 40.832 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.422 Å0.2958 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.575 Å0.405 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 44 13 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.404
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2582
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4582.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.8-2.930.341470.27110261073
2.93-3.080.356650.25410221087
3.08-3.270.356510.24310391090
3.27-3.530.305450.21910431088
3.53-3.880.204510.16110381089
3.88-4.440.191550.14810421097
4.44-5.590.183510.16110261077
5.59-300.268480.18510571105
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramcmp.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5cmp.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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