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- PDB-2oz5: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis protein tyrosine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oz5
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis protein tyrosine phosphatase PtpB in complex with the specific inhibitor OMTS
要素Phosphotyrosine protein phosphatase ptpb
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein tyrosine phosphatase in complex with small molecule inhibitor / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase activity / biological process involved in interaction with host / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/serine-protein phosphatase IphP-type / Tyrosine phosphatase family / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7XY / : / Tyrosine specific protein phosphatases domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grundner, C. / Gee, C.L. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Selective Inhibition of Mycobacterium tuberculosis Protein Tyrosine Phosphatase PtpB.
著者: Grundner, C. / Perrin, D. / Hooft van Huijsduijnen, R. / Swinnen, D. / Gonzalez, J. / Gee, C.L. / Wells, T.N. / Alber, T.
履歴
登録2007年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotyrosine protein phosphatase ptpb
B: Phosphotyrosine protein phosphatase ptpb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0636
ポリマ－64,7302
非ポリマー2,3324
水6,485360
1
A: Phosphotyrosine protein phosphatase ptpb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5313
ポリマ－32,3651
非ポリマー1,1662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphotyrosine protein phosphatase ptpb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5313
ポリマ－32,3651
非ポリマー1,1662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.396, 72.488, 96.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphotyrosine protein phosphatase ptpb


分子量: 32365.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: ptpB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: A1QMT0, UniProt: P96830*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-7XY / {(3-CHLOROBENZYL)[(5-{[(3,3-DIPHENYLPROPYL)AMINO]SULFONYL}-2-THIENYL)METHYL]AMINO}(OXO)ACETIC ACID


分子量: 583.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27ClN2O5S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH5.5 17% PEG 10,000 0.5% beta-octylgucoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34740 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Χ2: 0.814 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.071.90.0928390.706180.8
2.07-2.152.20.07632580.711193
2.15-2.2530.0734530.828197.4
2.25-2.373.70.06434910.87199.4
2.37-2.524.20.06435581.0291100
2.52-2.714.20.0535400.8681100
2.71-2.994.20.03935720.7861100
2.99-3.424.20.03135860.7911100
3.42-4.314.20.02436330.7451100
4.31-5040.02138020.6671100

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.46 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.472
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.03 Å
Translation3 Å48.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 3.98 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Some atoms in ARG 235 A, ARG 269 A, ARG 124 B, and ARG 258 B were modeled with zero occupancy leading to high RMS deviation values in these residues.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1789 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.192 34740 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 156 360 4550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5112.0085683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9885521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1721.62179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90315628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3641555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22886
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.52674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22524148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05331696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2174.51535
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 102 -
Rwork0.18 1965 -
obs-2067 79.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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