PDB-2oyz: Crystal structure of unknown function protein VPA0057 from Vibrio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oyz

タイトル

Crystal structure of unknown function protein VPA0057 from Vibrio parahaemolyticus (targeted domain 2-94)

要素

UPF0345 protein VPA0057

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Vibrio parahaemolyticus / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase / pyrimidine-nucleoside phosphorylase / thymidine phosphorylase / pyrimidine-nucleoside phosphorylase activity / thymidine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of unknown function protein VPA0057 from Vibrio parahaemolyticus
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oyz.cif.gz	31.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oyz.ent.gz	24.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2oyz_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oyz_full_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示
XML形式データ	2oyz_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	2oyz_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/2oyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/2oyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dw7-2 4bqa-1 6gus-d 4dvl-2 1v8y-d 1pp6-5 1pp0-2 4chf-2 3x0k-d 1yfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86608.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0345 protein VPA0057

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UPF0345 protein VPA0057

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.302, 37.302, 135.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-95- HOH

詳細

probable dimer with operator (x,y,z) and (-x,y,-z)

#1: タンパク質	UPF0345 protein VPA0057 分子量: 10254.017 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-94 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA0057 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivatives / 参照: UniProt: Q87K41
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M CaCl2, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 15% PEG 400, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→50 Å / Num. all: 11162 / Num. obs: 11064 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 72
反射シェル	解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.52 / Num. unique all: 1003 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.71→37.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.182 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23657	528	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20298	-	-	-
all	0.20461	10480	-	-
obs	0.20461	10480	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.536 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→37.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	711	0	0	104	815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	839
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.932	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.148	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.69	25.366	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.114	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.031	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.904	1.5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.293	2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.394	3	339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.07	4.5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.756 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	31	-
R_work	0.235	727	-
obs	-	-	95.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.063	-0.5902	1.2539	0.4311	-0.515	3.8232	-0.0695	-0.2194	-0.3209	0.0441	-0.0297	0.0201	0.2508	0.0188	0.0992	-0.0602	-0.009	-0.0192	-0.0606	0.0282	-0.0224	2.0769	4.3845	5.3058
2	2.1058	-0.0263	0.1784	1.9971	-0.9433	3.4994	-0.0157	-0.0763	-0.0018	0.3117	0.0987	0.045	-0.2226	-0.2773	-0.083	-0.0577	0.0475	-0.0032	0.0214	0.0096	-0.0668	-9.0987	13.2143	15.5483
3	3.122	-0.0577	-0.8891	2.5466	-1.0395	4.9606	-0.0482	-0.0147	0.0651	0.2359	0.0033	-0.1954	-0.2794	0.1469	0.0449	-0.0615	-0.0006	-0.0389	-0.0323	0.0189	-0.0673	-0.96	14.7025	9.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 32	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	33 - 40	33 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	50 - 67	50 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	76 - 84	76 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	41 - 49	41 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	68 - 75	68 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	85 - 94	85 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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