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- PDB-2oyy: HTHP: a hexameric tyrosine-coordinated heme protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oyy
タイトルHTHP: a hexameric tyrosine-coordinated heme protein
要素Hexameric cytochrome
キーワードUNKNOWN FUNCTION / all helical
機能・相同性
機能・相同性情報


Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP) / Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP) / HTHP domain superfamily / Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP) / DNA polymerase; domain 1 / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IODIDE ION / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: HTHP: A Novel Class of Hexameric, Tyrosine-coordinated Heme Proteins
著者: Jeoung, J.H. / Pippig, D.A. / Martins, B.M. / Wagener, N. / Dobbek, H.
履歴
登録2007年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
C: Hexameric cytochrome
D: Hexameric cytochrome
E: Hexameric cytochrome
F: Hexameric cytochrome
G: Hexameric cytochrome
H: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,41928
ポリマ－66,9648
非ポリマー6,45520
水00
1
A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,06421
ポリマ－50,2236
非ポリマー4,84115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2
C: Hexameric cytochrome
D: Hexameric cytochrome
E: Hexameric cytochrome
F: Hexameric cytochrome
G: Hexameric cytochrome
H: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,06421
ポリマ－50,2236
非ポリマー4,84115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22060 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
3
A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

A: Hexameric cytochrome
B: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

C: Hexameric cytochrome
D: Hexameric cytochrome
E: Hexameric cytochrome
F: Hexameric cytochrome
G: Hexameric cytochrome
H: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

C: Hexameric cytochrome
D: Hexameric cytochrome
E: Hexameric cytochrome
F: Hexameric cytochrome
G: Hexameric cytochrome
H: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子

C: Hexameric cytochrome
D: Hexameric cytochrome
E: Hexameric cytochrome
F: Hexameric cytochrome
G: Hexameric cytochrome
H: Hexameric cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,25684
ポリマ－200,89124
非ポリマー19,36460
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_455x-1/3,y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation5_455-y-1/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation6_455-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area89860 Å2
ΔGint-819 kcal/mol
Surface area63090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.710, 173.710, 45.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 71 / Label seq-ID: 4 - 74

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
詳細Hexameric structure with C6 symmetry

-
要素

#1: タンパク質
Hexameric cytochrome


分子量: 8370.478 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
遺伝子: spoa0176 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q5LL55
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 19-20 % PEG 3350, 0.1-0.5 M NH4I, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5817 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月12日
放射モノクロメーター: Osmic mirror system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→86.71 Å / Num. all: 35734 / Num. obs: 35356 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2精密化
MAR345345DTBデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→86.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 25.16 / SU ML: 0.29 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26867 911 5.1 %RANDOM
Rwork0.23421 ---
all0.23599 17867 --
obs0.23599 16942 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 3.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0.23 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→86.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 356 0 4732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3172.1526776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0575560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00324.348184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33515688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1891524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.23075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2541.52850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.48924600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.92432304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4974.52160
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 548 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.20.5
2Bmedium positional0.220.5
3Cmedium positional0.20.5
4Dmedium positional0.220.5
5Emedium positional0.190.5
6Fmedium positional0.220.5
7Gmedium positional0.220.5
8Hmedium positional0.210.5
1Amedium thermal0.342
2Bmedium thermal0.352
3Cmedium thermal0.32
4Dmedium thermal0.282
5Emedium thermal0.282
6Fmedium thermal0.322
7Gmedium thermal0.272
8Hmedium thermal0.292
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 66 -
Rwork0.315 1283 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60370.51120.64791.83480.43131.1490.00950.13050.0748-0.0897-0.05950.4479-0.0767-0.30770.05-0.1020.019-0.0314-0.07190.0291-0.1146-12.28449.66982.2425
20.763-0.08030.9651.0106-0.48493.77250.09330.1758-0.2259-0.2252-0.08420.29540.0584-0.2477-0.0091-0.1545-0.0224-0.0424-0.0406-0.0423-0.1627-14.4346-5.74172.1969
32.79391.01690.01690.9326-0.02121.44140.1644-0.0118-0.08790.02590.0225-0.3669-0.08530.127-0.1869-0.08830.01620.0023-0.103-0.0616-0.1155-30.459716.7363-10.4426
41.5-0.0253-0.09090.0726-0.38752.10290.0118-0.01370.4325-0.0064-0.0708-0.32570.01360.13970.059-0.10140.02660.0743-0.03380.0130.0706-29.850831.8954-13.7999
51.7133-1.06880.36621.4450.96481.90760.06450.0991-0.26660.0683-0.15360.4716-0.0736-0.02640.0892-0.1054-0.03440.0145-0.0585-0.0315-0.0503-57.352918.243-8.909
60.7063-0.29560.15081.84770.36221.72550.0784-0.0979-0.47210.17180.02670.15230.17020.2066-0.105-0.09520.00830.0393-0.04360.016-0.0579-44.26649.8987-8.0049
71.14260.0287-0.39420.83850.68330.90490.01720.23590.5938-0.1746-0.11-0.0624-0.0703-0.03480.0928-0.01160.04680.0724-0.07450.05480.0478-42.976640.184-14.7379
82-0.5793-0.250.9937-0.46871.6540.28580.0670.23850.0489-0.12470.1360.0472-0.2437-0.1611-0.09640.0460.0235-0.0498-0.0014-0.0213-56.703233.466-12.2637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 714 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 714 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 714 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 714 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 714 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 714 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 714 - 74
8X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 714 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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