登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oyk |
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タイトル | Endo-glycoceramidase II from Rhodococcus sp.: cellobiose-like isofagomine complex |
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要素 | Endoglycoceramidase II |
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キーワード | HYDROLASE / (alpha/beta)8 (TIM) barrel |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
endoglycosylceramidase / endoglycosylceramidase activity / carbohydrate derivative catabolic process / lipid catabolic process / carbohydrate metabolic process類似検索 - 分子機能 Glycoside hydrolase family 5, C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 5 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Glycoside hydrolase family 5, C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 5 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | Rhodococcus sp. (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å |
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データ登録者 | Caines, M.E.C. / Strynadka, N.C.J. |
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007 タイトル: The structural basis of glycosidase inhibition by five-membered iminocyclitols: the clan a glycoside hydrolase endoglycoceramidase as a model system. 著者: Caines, M.E. / Hancock, S.M. / Tarling, C.A. / Wrodnigg, T.M. / Stick, R.V. / Stutz, A.E. / Vasella, A. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C. |
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履歴 | 登録 | 2007年2月22日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2007年3月6日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2007年10月24日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2011年7月13日 | Group: Non-polymer description / Version format compliance |
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改定 2.0 | 2020年7月29日 | Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 2.1 | 2023年8月30日 | Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id |
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