PDB-2oxl: Structure and Function of the E. coli Protein YmgB: a Protein Cri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oxl

タイトル

Structure and Function of the E. coli Protein YmgB: a Protein Critical for Biofilm Formation and Acid Resistance

要素

Hypothetical protein ymgB

キーワード

GENE REGULATION / bacterial protein / biofilm / acid resistance / DNA binding protein / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

single-species biofilm formation / cellular response to acidic pH / response to hydrogen peroxide / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Page, R. / Peti, W. / Woods, T.K. / Palermino, J.M. / Doshi, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and Function of the Escherichia coli Protein YmgB: A Protein Critical for Biofilm Formation and Acid-resistance.
著者: Lee, J. / Page, R. / Garcia-Contreras, R. / Palermino, J.M. / Zhang, X.S. / Doshi, O. / Wood, T.K. / Peti, W.

履歴

登録	2007年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2oxl.ent.gz	26.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2oxl_validation.pdf.gz	787.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oxl_full_validation.pdf.gz	788.2 KB	表示
XML形式データ	2oxl_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	2oxl_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wcg-d 6mct-2 2m68-d 6z31-1 5ooo-1 6jfw-3 1tp8-3 2l21-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein ymgB

B: Hypothetical protein ymgB

ヘテロ分子

14.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.919, 69.945, 55.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Hypothetical protein ymgB

分子量: 7169.856 Da / 分子数: 2 / 断片: YmgB C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ymgB / プラスミド: RP-1B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P75993

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 90 mM Tris, 1.8 M NaCl, 0.5 (w/v)% B-OG, pH 8.0, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9790, 0.9793, 0.9322

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月25日 / 詳細: Toroidal focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9793	1
3	0.9322	1

Reflection

D res high: 1.95 Å / D res low: 45 Å / % possible obs: 99.9

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs
6.8	1	27.1	69245	0.035	1.14	10135
6.8	2	27.5	69259	0.043	1.78	10140
7.1	3	25.1	72322	0.036	1.09	10130

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.2	45	99.4	1	0.027	1.576	6.6
3.33	4.2	100	1	0.025	1.188	7.1
2.91	3.33	100	1	0.032	1.144	7.2
2.65	2.91	100	1	0.038	1.052	7.2
2.46	2.65	100	1	0.043	1.164	7.3
2.31	2.46	100	1	0.054	1.138	7.3
2.2	2.31	100	1	0.068	1.089	7.3
2.1	2.2	100	1	0.085	1.073	7.3
2.02	2.1	100	1	0.113	0.979	6.3
1.95	2.02	99.6	1	0.134	0.863	4.7
4.2	45	99.4	2	0.037	3.53	6.6
3.33	4.2	100	2	0.033	2.254	7.1
2.91	3.33	100	2	0.041	2.018	7.2
2.65	2.91	100	2	0.046	1.687	7.2
2.46	2.65	100	2	0.051	1.719	7.3
2.31	2.46	100	2	0.061	1.549	7.3
2.2	2.31	100	2	0.073	1.326	7.3
2.1	2.2	100	2	0.088	1.233	7.3
2.02	2.1	100	2	0.116	1.122	6.3
1.95	2.02	99.6	2	0.14	1.031	4.7
4.2	45	99.5	3	0.026	1.443	6.6
3.33	4.2	100	3	0.025	1.067	7.1
2.91	3.33	100	3	0.032	1.083	7.2
2.65	2.91	100	3	0.038	1.021	7.2
2.46	2.65	100	3	0.046	1.156	7.3
2.31	2.46	100	3	0.056	1.103	7.3
2.2	2.31	100	3	0.07	1.039	7.3
2.1	2.2	100	3	0.087	1.027	7.3
2.02	2.1	100	3	0.124	1.03	7.3
1.95	2.02	100	3	0.162	0.922	6.8

反射

解像度: 1.8→45 Å / Num. all: 12849 / Num. obs: 12802 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 22.8

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.403 / % possible all: 96.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.979	5.83	-7.65
1	3 wavelength	2	0.9793	3.59	-9.61
1	3 wavelength	3	0.9322	3.43	-2.9

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	40.755	0.336	0.21	0.258	0.763
2	Se	37.644	0.791	0.336	0.008	0.744

Phasing dm

FOM : 0.77 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.74 / 反射: 9402 / Reflection acentric: 8194 / Reflection centric: 1208

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-18.388	0.96	0.97	0.96	439	302	137
3.6-5.7	0.96	0.96	0.96	1283	1053	230
2.9-3.6	0.92	0.94	0.86	1589	1369	220
2.5-2.9	0.84	0.85	0.75	1578	1401	177
2.1-2.5	0.7	0.71	0.59	2786	2500	286
2-2.1	0.48	0.49	0.33	1727	1569	158

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.11	位相決定
RESOLVE	2.11	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.969 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23789	625	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21456	-	-	-
obs	0.21567	12174	99.67 %	-
all	-	12849	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	954	0	40	31	1025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	2.041	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.992	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.36	27	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.009	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.786	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.057	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.539	3	652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.5	5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.463	8	397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.083	11	348
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	45	-
R_work	0.313	855	-
obs	-	-	95.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.85 Å / Origin y: -12.9414 Å / Origin z: -7.9944 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0393 Å²	0.0312 Å²	0.0122 Å²	-	0.0305 Å²	0.0774 Å²	-	-	0.0054 Å²
L	0.5248 °²	0.9578 °²	0.2063 °²	-	1.75 °²	0.3108 °²	-	-	2.5251 °²
S	0.1139 Å °	-0.0225 Å °	0.0024 Å °	-0.0206 Å °	0.0435 Å °	0.0644 Å °	-0.1515 Å °	-0.2382 Å °	-0.1574 Å °

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