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- PDB-2oxh: The SOXYZ Complex of Paracoccus Pantotrophus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oxh
タイトルThe SOXYZ Complex of Paracoccus Pantotrophus
要素
  • SoxY protein
  • SoxZ protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA-SANDWICH FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold ...Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SoxZ protein / SoxY protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Sauve, V. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The SoxYZ Complex Carries Sulfur Cycle Intermediates on a Peptide Swinging Arm.
著者: Sauve, V. / Bruno, S. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2007年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: SoxZ protein
Y: SoxY protein
A: SoxZ protein
B: SoxY protein
C: SoxZ protein
D: SoxY protein
E: SoxZ protein
F: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,90514
ポリマ－96,5328
非ポリマー3726
水7,116395
1
Z: SoxZ protein
Y: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2574
ポリマ－24,1332
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
2
A: SoxZ protein
B: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2574
ポリマ－24,1332
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
3
C: SoxZ protein
D: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2574
ポリマ－24,1332
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
4
E: SoxZ protein
F: SoxY protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1332
ポリマ－24,1332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.220, 54.490, 104.872
Angle α, β, γ (deg.)103.13, 95.21, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A SOXYZ HETERODIMER. THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 4 COPIES OF THE BIOLOGICAL UNIT.

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要素

#1: タンパク質
SoxZ protein


分子量: 11663.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: LMD82.5T / 遺伝子: soxZ / プラスミド: pVS005 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9LCU8
#2: タンパク質
SoxY protein


分子量: 12469.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: LMD82.5T / 遺伝子: soxY / プラスミド: pVS005 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9LCU9
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 microL of 10 mg ml-1 protein in 10 mM Tris pH 8.0 with 1 microL of 100 mM Na-acetate pH 4.75, 200 mM (NH4)2SO4, 31 % (w/v) PEG 3350, 2% (w/v) glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日 / 詳細: Double Si(111) monoichromation
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→101.687 Å / Num. all: 34657 / Num. obs: 34657 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OX5

2ox5


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881
Isotropic thermal model: ISOTROPIC INDIVIDUAL PLUS TLSMD GROUP REFINEMENT
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24433 1754 5.1 %RANDOM
Rwork0.19394 ---
obs0.19659 32903 96.38 %-
all-34657 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.633 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.12 Å20.69 Å2
2---0.12 Å2-0.08 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6403 0 24 395 6822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.9698891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.6565882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.27525.51245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22114.9631013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.871529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.24312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8021.54385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40727040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28232140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6314.51848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 117 -
Rwork0.22 2312 -
obs--91.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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