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- PDB-2ovw: ENDOGLUCANASE I COMPLEXED WITH CELLOBIOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovw
タイトルENDOGLUCANASE I COMPLEXED WITH CELLOBIOSE
要素ENDOGLUCANASE I
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / ENDOGLUCANASE I / COMPLEXED WITH CELLOBIOSE / GLYCOSYLATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / Endoglucanase type C
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Davies, G.J. / Schulein, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structure of the endoglucanase I from Fusarium oxysporum: native, cellobiose, and 3,4-epoxybutyl beta-D-cellobioside-inhibited forms, at 2.3 A resolution.
著者: Sulzenbacher, G. / Schulein, M. / Davies, G.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure of the Fusarium Oxysporum Endoglucanase I with a Nonhydrolyzable Substrate Analogue: Substrate Distortion Gives Rise to the Preferred Axial Orientation for the Leaving Group
著者: Sulzenbacher, G. / Driguez, H. / Henrissat, B. / Schulein, M. / Davies, G.J.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1994
タイトル: The Use of Conserved Cellulase Family-Specific Sequences to Clone Cellulase Homologue Cdnas from Fusarium Oxysporum
著者: Sheppard, P.O. / Grant, F.J. / Oort, P.J. / Sprecher, C.A. / Foster, D.C. / Hagen, F.S. / Upshall, A. / Mcknight, G.L. / O'Hara, P.J.
履歴
登録1997年4月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE I
B: ENDOGLUCANASE I
C: ENDOGLUCANASE I
D: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,88016
ポリマ－178,7414
非ポリマー3,13912
水19,8351101
1
A: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4704
ポリマ－44,6851
非ポリマー7853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4704
ポリマ－44,6851
非ポリマー7853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4704
ポリマ－44,6851
非ポリマー7853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4704
ポリマ－44,6851
非ポリマー7853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.930, 78.310, 142.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE COORDINATES GIVEN DEFINE THE STRUCTURE OF ENDOGLUCANASE I AND COMPRISE RESIDUES 1 - 398 OF THE 412 RESIDUES IN THE MATURE PROTEIN. THERE ARE FOUR COPIES OF THE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT WITH CHAIN IDENTIFIERS A, B, C AND D.

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要素

#1: タンパク質
ENDOGLUCANASE I


分子量: 44685.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fusarium oxysporum (菌類) / 参照: UniProt: P46237, cellulase
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE C-TERMINAL RESIDUES ARE EITHER DISORDERED OR ABSENT (C-TERMINAL DEGRADATION). MASS SPECTROMETRY ...THE C-TERMINAL RESIDUES ARE EITHER DISORDERED OR ABSENT (C-TERMINAL DEGRADATION). MASS SPECTROMETRY ANALYSIS SHOWS THAT A MIXTURE OF VARIOUS C-TERMINAL DEGRADATIONS IS PRESENT. ENDOGLUCANASE I BELONGS TO GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 7. THE ENZYME HAS 4 SUBSITES FOR SUGAR BINDING AND PERFORMS CATALYSIS WITH RETENTION OF CONFIGURATION AT THE ANOMERIC CARBON.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細A LIGAND CELLOBIOSE IS BOUND IN THE ACTIVE SITE OF EACH MOLECULE AND HAS THE RESIDUE NAME COB AND ...A LIGAND CELLOBIOSE IS BOUND IN THE ACTIVE SITE OF EACH MOLECULE AND HAS THE RESIDUE NAME COB AND CHAIN IDENTIFIERS A, B, C AND D.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22 % PEG 8K, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, PH 6.5 FOR 0.1 M MOPS. METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 1 HOUR IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 20 MM OF ...詳細: 22 % PEG 8K, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, PH 6.5 FOR 0.1 M MOPS. METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 1 HOUR IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 20 MM OF CELLOBIOSE., vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120-26 %(w/v)PEG80001reservoir
20.15-0.3 M1reservoirMgCl2
30.1 MMOPS1reservoirpH6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月23日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 57194 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 31.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.37 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 59.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE STRUCTURE (2 MOLECULES IN ASYMMETRIC UNIT)

解像度: 2.3→15 Å / 交差検証法: FREE R / 詳細: X-PLOR 3.1 (BRUNGER) ALSO WAS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.209 ---
Rfree-2887 5 %RANDOM
obs-54116 86.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12088 0 204 1101 13393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8412
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8284
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.3934
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.6855
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1260.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.820
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.925
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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