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- PDB-2ovf: Crystal Structure of StaL-PAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovf
タイトルCrystal Structure of StaL-PAP complex
要素StaL
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / StaL-PAP complex / sulfotransferase / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


desulfo-A47934 sulfotransferase / sulfotransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #460 / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Desulfo-A47934 sulfotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces toyocaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of StaL, a glycopeptide antibiotic sulfotransferase from Streptomyces toyocaensis.
著者: Shi, R. / Lamb, S.S. / Bhat, S. / Sulea, T. / Wright, G.D. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: StaL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6382
ポリマ－32,2111
非ポリマー4271
水21612
1
A: StaL
ヘテロ分子

A: StaL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2754
ポリマ－64,4212
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)87.392, 87.392, 169.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a dimer generated from monomer in the asymmetric unit by the operations: -x, y, 1/2-z

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要素

#1: タンパク質 StaL


分子量: 32210.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア)
株: NRRL 15009 / 遺伝子: stal / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KLM3
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH6.5,0.2M NaI, 18% PEG 3350, 10mM PAP, 5mM desulfo-A47934, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicone / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 8661 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.95-3.0611.20.5328251.0061100
3.06-3.1811.40.3248510.9991100
3.18-3.3211.10.2318341.0011100
3.32-3.511.50.1298531.0021100
3.5-3.7211.60.0818311.0011100
3.72-411.40.05186011100
4-4.4111.50.048590.9991100
4.41-5.0411.30.03387611100
5.04-6.35110.0389611100
6.35-509.80.0259760.999198.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.41 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.737
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å45.25 Å
Translation3 Å45.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OV8

2ov8


解像度: 2.95→76.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 30.409 / SU ML: 0.278 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.268 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 418 4.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 8605 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.151 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→76.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 27 12 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.972662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1045246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.55422.92782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.85715282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.4591515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3260.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.51261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17621950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5153812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4764.5712
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 29 -
Rwork0.306 595 -
obs-624 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83210.75061.68193.4987-0.57714.25740.08590.4342-0.0128-0.1112-0.1637-0.38990.27930.44930.0778-0.05340.0635-0.103-0.12120.1012-0.061717.161562.435743.8368
25.7752-1.07361.43447.32550.40065.312-0.0252-0.99791.30050.5213-0.5648-0.0652-0.7479-0.21670.590.1575-0.031-0.21810.0969-0.1940.163614.449576.66661.2065
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
113 - 9021 - 108
21132 - 216150 - 234
3291 - 131109 - 149
42236 - 269254 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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