PDB-2ov9: Crystal structure of protein RHA08564, thioesterase superfamily p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ov9

タイトル

Crystal structure of protein RHA08564, thioesterase superfamily protein

要素

Hypothetical protein

キーワード

HYDROLASE / Rhodococcus sp. RHA1 / RHA08564 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

palmitoyl-CoA hydrolase / cell projection / fatty acid metabolic process / hydrolase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of protein RHA08564, thioesterase superfamily protein
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ov9.cif.gz	168 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ov9.ent.gz	134.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ov9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ov9_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ov9_full_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示
XML形式データ	2ov9_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	2ov9_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ov9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ov9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2w8d-1 6t0g-d 6zhz-5 5ibg-d 2y5z-1 2ij7-1 6zi3-5 2w8d-2 3bdz-2 4yzr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7304

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

C: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

ヘテロ分子

91.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.705, 70.132, 81.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 22834.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro05818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q0S4E1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97891 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月26日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 62104 / Num. obs: 60918 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 33.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 82.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.49 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23632	3087	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19395	-	-	-
obs	0.19611	57760	97.71 %	-
all	-	57760	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.581 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.69 Å²	0 Å²	-1.1 Å²
2-	-	-1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5940	0	5	401	6346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.97	8425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.604	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.171	23.49	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.387	15	934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.662	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.25	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.5	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.19	2	6507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.107	3	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.413	4.5	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	197	-
R_work	0.242	3526	-
obs	-	-	81.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.484	0.7652	0.5387	3.4708	0.1152	1.0442	0.109	-0.0183	-0.1202	0.164	-0.1616	-0.0566	0.0553	-0.1281	0.0526	-0.1057	-0.0361	-0.0196	-0.0869	-0.0319	-0.1083	26.5184	43.4592	15.8226
2	1.5889	-0.0955	-0.3694	4.5829	-0.9908	2.493	0.042	-0.4455	-0.0439	0.6567	-0.0503	-0.5808	0.2501	0.222	0.0083	0.0641	-0.0259	-0.098	0.0445	0.0593	0.0485	24.1525	20.0351	21.2264
3	2.4752	-0.2135	1.0037	3.3105	0.0274	1.7199	0.2258	-0.3714	-0.1056	0.5408	-0.1075	-0.0792	0.2021	-0.1312	-0.1183	-0.078	-0.0938	0.0464	0.0068	0.0527	-0.2246	9.0502	19.203	21.8395
4	3.1593	-1.211	1.0701	5.6207	0.1726	1.6079	0.0934	-0.3528	0.0175	0.5378	-0.0185	-0.0462	0.1634	-0.1324	-0.0749	-0.0608	-0.0654	0.0451	-0.0073	0.0112	-0.1682	11.3021	24.3785	18.728
5	3.3467	0.5307	0.3485	3.3054	1.0415	1.1665	0.1174	-0.1116	0.101	0.1169	-0.2199	0.2045	0.0042	-0.0951	0.1025	-0.1128	-0.0376	0.0269	-0.0941	-0.0122	-0.0772	24.2262	45.2317	16.6227
6	3.2021	-0.2739	2.3784	1.2946	-0.3122	4.3357	-0.1116	-0.3438	0.3477	-0.0347	-0.0475	0.0572	-0.4952	-0.4298	0.1591	-0.0643	0.0582	0.0319	-0.0115	-0.056	-0.0286	2.7888	41.6498	5.0913
7	2.9398	-0.5906	0.9377	2.7131	-0.1848	1.792	0.0169	-0.0566	-0.1271	0.0125	0.0154	0.1127	0.071	-0.221	-0.0323	-0.0889	-0.005	0.0682	-0.0503	0.0154	-0.1521	5.4195	26.6451	1.562
8	3.9527	-0.9756	1.4897	2.0969	-0.6156	1.3448	0.1171	-0.0492	-0.0381	0.0362	-0.0697	-0.0941	0.0451	-0.178	-0.0474	-0.0756	-0.0114	0.0528	-0.0406	0.0015	-0.1341	9.2769	28.7969	6.1183
9	2.2005	-1.3102	1.2381	3.3065	0.4638	2.2465	0.0329	0.1343	0.0838	-0.0335	-0.0871	-0.2417	-0.1244	0.0883	0.0542	-0.1097	0.0237	0.012	-0.0714	0.0139	-0.0747	39.7792	25.0287	-18.9023
10	2.1413	2.4415	1.5129	8.0237	-1.8077	3.4507	-0.3051	0.3486	0.3162	0.1934	-0.0965	-0.7067	-0.1256	0.4611	0.4016	-0.0523	-0.076	-0.0898	-0.0426	0.0907	0.0875	38.97	45.9117	-21.6111
11	2.7855	0.1683	0.8557	3.4059	-0.4932	1.8474	-0.1217	0.3999	0.4993	0.0067	-0.0992	-0.2162	-0.1887	0.3268	0.2209	-0.1042	-0.0568	-0.0006	-0.0317	0.1352	-0.1073	27.6868	49.6657	-32.4079
12	2.9281	1.1897	1.3209	4.9574	0.7422	1.0134	-0.2597	0.4309	0.3863	-0.3332	0.0542	-0.0303	-0.2344	0.2262	0.2055	-0.0418	-0.0129	0.008	-0.0222	0.0849	-0.0984	28.0259	44.3888	-28.7465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 209
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	121 - 151
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	25 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	5 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	76 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	100 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	152 - 209
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	121 - 151
13	X-RAY DIFFRACTION	9	D	25 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	10	D	15 - 24
15	X-RAY DIFFRACTION	10	D	76 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	11	D	100 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	11	D	152 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	12	D	121 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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