PDB-2ouk: ABC Protein ArtP in complex with Sulphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ouk

タイトル

ABC Protein ArtP in complex with Sulphate

要素

protein ArtP

キーワード

HYDROLASE / ABC Domain / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

polar-amino-acid-transporting ATPase / ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of the ATP-binding cassette (ABC) protein ArtP from Geobacillus stearothermophilus reveal a stable dimer in the post hydrolysis state and an asymmetry in the dimerization region
著者: Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.

履歴

登録	2007年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ouk.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ouk.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ouk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ouk_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ouk_full_validation.pdf.gz	491 KB	表示
XML形式データ	2ouk_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	2ouk_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2ouk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2ouk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oljC 2olkC 2q0hC 2oll PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bgp-d 6z63-3 4u00-d 2znq-2 3sp9-1 5lja-d 2bik-d 3et2-2 3c4e-4 4wsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: protein ArtP

B: protein ArtP

C: protein ArtP

D: protein ArtP

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: protein ArtP

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: protein ArtP

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: protein ArtP

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: protein ArtP

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: protein ArtP

B: protein ArtP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 2 ポリマー
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6

C: protein ArtP

D: protein ArtP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.164, 80.628, 95.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	protein ArtP / E.C.3.6.3.21 / Amino acid ABC transporter 分子量: 29405.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 株: DSMZ 13240 / 遺伝子: artP / プラスミド: pVE6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: D0VWX4*PLUS, polar-amino-acid-transporting ATPase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 23% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0,2M lithium sulphate, 1,5% CAPB (TEGO BetainF), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97973 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月28日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97973 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 55290 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 0.813 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique all: 4714 / Χ²: 0.575 / % possible all: 80.3

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	42.87 Å
Translation	2.5 Å	42.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SWISS-MODEL GENERATED MODEL

解像度: 2.15→50 Å / FOM work R set: 0.812 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	2625	4.5 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	-	51803	88.2 %	-

溶媒の処理

B_sol: 39.64 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.03 Å²	0 Å²	-5.613 Å²
2-	-	1.557 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7568	0	30	522	8120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.251
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.358	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.155	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.182	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.205	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.15-2.16	0.344	44	0.311	607	651
2.16-2.18	0.296	34	0.317	697	731
2.18-2.19	0.377	40	0.298	798	838
2.19-2.21	0.305	41	0.285	819	860
2.21-2.23	0.371	40	0.295	875	915
2.23-2.24	0.328	47	0.289	821	868
2.24-2.26	0.345	43	0.287	864	907
2.26-2.28	0.404	35	0.295	880	915
2.28-2.3	0.358	51	0.29	847	898
2.3-2.32	0.3	47	0.26	867	914
2.32-2.34	0.346	48	0.274	882	930
2.34-2.36	0.361	52	0.264	900	952
2.36-2.38	0.334	46	0.269	914	960
2.38-2.4	0.312	49	0.256	911	960
2.4-2.42	0.404	44	0.274	917	961
2.42-2.44	0.292	33	0.264	916	949
2.44-2.47	0.302	51	0.249	900	951
2.47-2.49	0.251	43	0.24	950	993
2.49-2.52	0.299	60	0.24	921	981
2.52-2.55	0.333	48	0.257	927	975
2.55-2.58	0.313	57	0.262	934	991
2.58-2.61	0.303	51	0.249	992	1043
2.61-2.64	0.257	60	0.233	965	1025
2.64-2.67	0.251	41	0.24	1004	1045
2.67-2.71	0.363	69	0.252	967	1036
2.71-2.75	0.337	53	0.25	977	1030
2.75-2.79	0.302	49	0.244	1022	1071
2.79-2.83	0.281	55	0.24	1016	1071
2.83-2.87	0.344	50	0.241	1042	1092
2.87-2.92	0.254	42	0.214	1061	1103
2.92-2.97	0.263	57	0.209	1031	1088
2.97-3.02	0.273	57	0.211	1039	1096
3.02-3.08	0.333	62	0.229	1098	1160
3.08-3.14	0.272	57	0.222	1051	1108
3.14-3.21	0.287	67	0.233	1117	1184
3.21-3.29	0.22	79	0.2	1073	1152
3.29-3.37	0.2	61	0.175	1084	1145
3.37-3.46	0.224	65	0.189	1095	1160
3.46-3.56	0.232	63	0.188	1096	1159
3.56-3.68	0.231	56	0.189	1132	1188
3.68-3.81	0.224	47	0.181	1111	1158
3.81-3.96	0.222	52	0.182	1088	1140
3.96-4.14	0.238	57	0.171	1112	1169
4.14-4.36	0.222	67	0.165	1117	1184
4.36-4.63	0.185	65	0.155	1088	1153
4.63-4.99	0.208	65	0.169	1120	1185
4.99-5.49	0.216	66	0.195	1104	1170
5.49-6.28	0.26	53	0.21	1132	1185
6.28-7.91	0.21	55	0.189	1134	1189
7.91-50	0.187	51	0.181	1163	1214

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top

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