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万見
- PDB-2ou3: Crystal structure of a tellurite resistance protein of cog3793 (n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ou3
タイトルCrystal structure of a tellurite resistance protein of cog3793 (npun_f6341) from nostoc punctiforme pcc 73102 at 1.85 A resolution
要素Tellurite resistance protein of COG3793
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性TerB-like / TerB-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 1H-INDOLE-3-CARBALDEHYDE
機能・相同性情報
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Tellurite resistance protein of COG3793 (ZP_00109916.1) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE, FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. SEQUENCING CONFIRMED THE ENGINEERED MUTATIONS Q139Y, Q140Y AND E141Y. THE ELECTRON DENSITY SUPPORTS THIS ASSIGNMENT. 3. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE IN GENBANK UNDER ACCESSION CODE ZP_00109916.1 AND FROM THE UNIPROT ARCHIVE UNDER ACCESSION ID UPI000038CCA5.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tellurite resistance protein of COG3793
B: Tellurite resistance protein of COG3793
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,81612
ポリマ－37,0392
非ポリマー77710
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.490, 56.190, 152.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSETYRTYR2AA1 - 312 - 32
21MSEMSETYRTYR2BB1 - 312 - 32
32MSEMSEMSEMSE1AA3233
42MSEMSEMSEMSE1BB3233
53LYSLYSLYSLYS2AA33 - 4034 - 41
63LYSLYSLYSLYS2BB33 - 4034 - 41
74ALAALAILEILE4AA41 - 4542 - 46
84ALAALAILEILE4BB41 - 4542 - 46
95SERSERTYRTYR2AA46 - 16047 - 161
105SERSERTYRTYR2BB46 - 16047 - 161

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tellurite resistance protein of COG3793


分子量: 18519.477 Da / 分子数: 2 / 変異: Q139Y, Q140Y, E141Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: ZP_00109916.1 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100

-
非ポリマー , 5種, 405分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-I3A / 1H-INDOLE-3-CARBALDEHYDE / 1H-インド-ル-3-カルボアルデヒド


分子量: 145.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO / コメント: アゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NANODROP, 10.0% 2-propanol, 0.2M Zn(OAc)2, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.911625, 0.979310, 0.979051
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月28日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focusing
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9116251
20.979311
30.9790511
反射解像度: 1.85→29.311 Å / Num. obs: 29051 / % possible obs: 99.5 % / Biso Wilson estimate: 15.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.31
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.85-1.920.4151.99118665648198
1.92-1.990.3432.54104504929199.8
1.99-2.080.2663.29115885452199.9
2.08-2.190.1974.43116505483199.9
2.19-2.330.1555.55118325581199.7
2.33-2.510.1266.65115615411199.8
2.51-2.760.0988.13116195442199.9
2.76-3.160.06511.54116695468199.9
3.16-3.980.0417.68116725455199.8
3.98-29.310.03321.05115855426198.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.311 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.217 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.133
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ZINC ATOMS, PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, ARE MODELED INTO THE STRUCTURE. THIS ASSIGNMENT IS SUPPORTED BY BOTH X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION SCANS AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAPS. 5. ELECTRON DENSITY INDICATES THAT AN INDOLE DERIVATIVE, MODELED AS INDOLE-3-CARBOXALDEHYDE (I3A), IS LOCATED NEAR SER 28 OF EACH MONOMER. THIS ASSIGNMENT IS ALSO SUPPORTED BY THE PLACEMENT OF HYDROGENS FOR THE FORMATION OF FAVORABLE LIGAND-PROTEIN INTERACTIONS. HOWEVER, OTHER POSSIBLE LIGANDS THAT COULD BE MODELED INCLUDE INDOLE-3-CARBINOL (I3C) OR MAYBE LESS LIKELY, 1H-INDOLE-3-YLMETHANAMINE. 6. THE MODEL REGION BETWEEN 41-45 HAS LESS WELL DEFINED DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1472 5.1 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.163 ---
obs0.163 28991 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 36 395 2965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9733661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92534517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7965342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97724.957115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46415490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5041512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.21901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0340.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.85531724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3893664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53152639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.78981218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.161111010
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
928TIGHT POSITIONAL0.050.05
1184MEDIUM POSITIONAL0.390.5
928TIGHT THERMAL0.210.5
1184MEDIUM THERMAL0.842
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 117 -
Rwork0.196 1954 -
obs-2071 98.11 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.4522 Å / Origin y: 40.7462 Å / Origin z: 18.7496 Å
111213212223313233
T-0.0759 Å20.0067 Å20.0006 Å2--0.0202 Å2-0.0006 Å2---0.0376 Å2
L0.2474 °2-0.1156 °2-0.1035 °2-1.2058 °20.022 °2--0.7906 °2
S-0.0209 Å °0.0127 Å °-0.0074 Å °-0.0602 Å °-0.0323 Å °0.0173 Å °-0.0021 Å °-0.0293 Å °0.0531 Å °
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 160 / Label seq-ID: 2 - 161

IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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