PDB-2ott: Crystal structure of CD5_DIII

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ott

タイトル

Crystal structure of CD5_DIII

要素

T-cell surface glycoprotein CD5

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SRCR group B domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cell recognition / T cell costimulation / apoptotic signaling pathway / signaling receptor activity / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Rodamilans, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the third extracellular domain of CD5 reveals the fold of a group B scavenger cysteine-rich receptor domain.
著者: Rodamilans, B. / Munoz, I.G. / Bragado-Nilsson, E. / Sarrias, M.R. / Padilla, O. / Blanco, F.J. / Lozano, F. / Montoya, G.

履歴

登録	2007年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年3月31日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ott.cif.gz	50.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ott.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ott.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ott_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ott_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	2ott_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	2ott_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2ott ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2ott	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ja4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1id2-3 3n4y-d 4hbm-7 2m10-d 1ifr-d 2k22-d 1cih-d 4erf-3 6sqv-3 4odf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: T-cell surface glycoprotein CD5

Y: T-cell surface glycoprotein CD5

21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: T-cell surface glycoprotein CD5

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

Y: T-cell surface glycoprotein CD5

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.161, 74.161, 128.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-109- HOH

#1: タンパク質	T-cell surface glycoprotein CD5 / Lymphocyte antigen T1/Leu- 1 分子量: 10912.171 Da / 分子数: 2 / 断片: CD5_DIII / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 遺伝子: CD5, LEU1 / プラスミド: pCEP-Pu / 細胞株 (発現宿主): HEK-293EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY CELLS / 参照: UniProt: P06127
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: 10mM Hepes, 300mM Na,Cl pH7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月3日 / 詳細: dinamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(11) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 13033 / Num. obs: 12350 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→40.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 11.69 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25863	631	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21638	-	-	-
obs	0.21842	12350	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1452	0	0	77	1529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.021	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.409	1.929	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.829	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.536	23.784	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.622	15	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.979	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.187	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.447	1.5	946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.385	2	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.719	3	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.694	4.5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	53	-
R_work	0.29	868	-
obs	-	-	97.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6415	0.9449	0.5072	1.3863	0.2946	1.8939	-0.0823	0.8015	0.1066	-0.2313	0.0785	0.0094	-0.0696	0.0615	0.0038	0.1163	0.0294	0.017	0.2732	0.0293	0.1835	19.7903	53.0589	-0.728
2	3.2003	1.9873	1.01	7.4032	2.7133	4.3299	-0.2821	0.6243	0.4015	-1.1375	0.3089	-0.3461	-1.0391	0.3531	-0.0268	0.3891	-0.0596	0.1188	0.1051	0.0562	0.1857	28.7053	72.9264	15.3588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	7 - 104	1 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Y	B	7 - 104	1 - 98

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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