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- PDB-2otp: Crystal Structure of Immunoglobulin-Like Transcript 1 (ILT1/LIR7/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2otp
タイトルCrystal Structure of Immunoglobulin-Like Transcript 1 (ILT1/LIR7/LILRA2)
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ILT1 / activating receptor / dimer / monomer / domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell activation / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / IgM binding / inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell activation / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / IgM binding / inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / antigen binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / defense response / positive regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / signaling receptor activity / innate immune response / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / AB INITIO / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gao, F. / Peng, H. / Chen, Y. / Liu, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 3D Domain Swapped Dimer of Immunoglobulin-Like Transcript 1 (ILT1/LIR7/LILRA2), Molecular Insight into Group 1 Activating Receptor Forming Unique MW Interaction Pattern
著者: Chen, Y. / Gao, F. / Peng, H. / Liu, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2007年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 2
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8192
ポリマ－43,8192
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.842, 72.971, 131.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-218-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 7 / LIR-7 / Immunoglobulin- like transcript 1 / ILT-1 / ...Leukocyte immunoglobulin-like receptor 7 / LIR-7 / Immunoglobulin- like transcript 1 / ILT-1 / CD85h antigen / LILRA2


分子量: 21909.473 Da / 分子数: 2 / 断片: D1D2, Ig-like C2-type / 変異: R142C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRA2, ILT1, LIR7 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8N149
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 126

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.6M MgSO4, 0.1M Tris-Cl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.21 Å / Num. obs: 11930 / 冗長度: 6.68 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.74 Å / 冗長度: 7.08 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2.6→30 Å / Num. parameters: 28188 / Num. restraintsaints: 36735 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?; THIS IS A TWINNED DATA. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (-h, -k, l) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.377.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 --RANDOM
Rwork0.1761 ---
all0.1765 11343 --
obs0.1765 11313 92.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3131.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 0 66 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0153
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.043

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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