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万見
- PDB-2ot7: Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ot7
タイトルCrystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide monomethylated at Lys9
要素
  • JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
  • histone 3 K9 monomethyl
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fe / double-stranded beta helix / demethylase / oxygenase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / negative regulation of autophagy / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / fibrillar center / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / regulation of gene expression / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / PHD-finger / JmjC domain / JmjC domain profile. / PHD-zinc-finger like domain / jmjN domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Lysine-specific demethylase 4A / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.135 Å
データ登録者Kavanagh, K.L. / Ng, S.S. / Pilka, E. / McDonough, M.A. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. ...Kavanagh, K.L. / Ng, S.S. / Pilka, E. / McDonough, M.A. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of histone demethylase JMJD2A reveal basis for substrate specificity.
著者: Ng, S.S. / Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Butler, D. / Pilka, E.S. / Lienard, B.M. / Bray, J.E. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Rose, N.R. / Offer, J. / Scheinost, J.C. / ...著者: Ng, S.S. / Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Butler, D. / Pilka, E.S. / Lienard, B.M. / Bray, J.E. / Savitsky, P. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Rose, N.R. / Offer, J. / Scheinost, J.C. / Borowski, T. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月15日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32022年6月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
B: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
C: histone 3 K9 monomethyl
D: histone 3 K9 monomethyl
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,91710
ポリマ－90,3754
非ポリマー5426
水4,738263
1
A: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
C: histone 3 K9 monomethyl
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4585
ポリマ－45,1872
非ポリマー2713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
D: histone 3 K9 monomethyl
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4585
ポリマ－45,1872
非ポリマー2713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.209, 149.842, 57.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD2A, JHDM3A, JMJD2, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド histone 3 K9 monomethyl


分子量: 860.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic H3 peptide monomethylated at K9. Its sequence is based on human histone H3 fragment (residues 7-14), gene HIST1H3A
参照: UniProt: P68431*PLUS

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非ポリマー , 4種, 269分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 100 mM Citrate, 2 mM NiCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.135→83.92 Å / Num. all: 48784 / Num. obs: 48784 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.135→2.25 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7095 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2OQ7

2oq7


解像度: 2.135→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 12.989 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24072 2031 4.2 %RANDOM
Rwork0.18676 ---
all0.18909 45914 --
obs0.18909 45914 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.135→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 24 263 6017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9468036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8973.0019871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5665711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97123.309272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42215959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.221532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.24003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22901
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.38433719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.63231427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.33155740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.16572667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.362112295
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.135→2.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 166 -
Rwork0.295 3383 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4716-0.79080.48831.9986-0.38450.93430.13410.2923-0.0292-0.2758-0.1770.15190.03590.10940.0428-0.12630.02250.0106-0.0863-0.0124-0.1478-30.3943-22.1087-22.9005
22.1617-0.4169-0.07512.1003-0.37581.7530.08780.01760.0506-0.29710.0223-0.20670.2343-0.12-0.1101-0.0888-0.0379-0.0379-0.18530.0146-0.1148-37.9127-54.81152.3462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 355
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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