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- PDB-2osn: An alternate description of a crystal structure of phospholipase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2osn
タイトルAn alternate description of a crystal structure of phospholipase A2 from Bungarus caeruleus
要素Phospholipase A2 isoform 3
キーワードTOXIN / phospholipase / krait venom / structure reinterpretation
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bungarus caeruleus (コブラ)
手法X線回折 / transformed from 1G2X / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stenkamp, R.E. / Le Trong, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: An alternate description of two crystal structures of phospholipase A(2) from Bungarus caeruleus.
著者: Le Trong, I. / Stenkamp, R.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Sequence-induced trimerization of phospholipase A2: Structure of a trimeric isoform of PLA2 from common krait (Bungarus caeruleus) at 2.5 Angstrom resolution
著者: Singh, G. / Gourinath, S. / Saravanan, K. / Sharma, S. / Bhanumathi, S. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2007年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 950THIS ENTRY 2OSN REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1G2XSF. ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 2OSN REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1G2XSF. ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: G.SINGH,S.GOURINATH,S.SHARMA,S.BHANUMATHI,M.PARAMSIVAM,T.P.SINGH.
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE OF THE PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 isoform 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0914
ポリマ－12,9851
非ポリマー1063
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.104, 57.104, 57.104
Angle α, β, γ (deg.)89.750, 89.750, 89.750
Int Tables number155
Space group name H-MR32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-128-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 isoform 3


分子量: 12984.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bungarus caeruleus (コブラ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q6SLM0, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1G2X.

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: transformed from 1G2X
開始モデル: The A chain of PDB entry 1G2X.

1g2x


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.803 / SU B: 9.488 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.732 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. This structure is a reinterpretation of the experimental data for entry 1G2X in space group R32. This entry and 1U4J are likely isomorphous ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. This structure is a reinterpretation of the experimental data for entry 1G2X in space group R32. This entry and 1U4J are likely isomorphous with entry 1FE5. This entry focuses on 1G2X because structure factors were available for it.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 203 4.6 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.217 4549 --
obs0.216 4441 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0.1 Å2-0.1 Å2
2--0 Å2-0.1 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数897 0 3 32 932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1231.9211259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5715117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.91524.76242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.37415140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.578154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3791.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7072946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.983371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5844.5313
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 15 -
Rwork0.204 290 -
obs-305 98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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