[日本語] English
万見
- PDB-2os5: Macrophage migration inhibitory factor from Ancylostoma ceylanicum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2os5
タイトルMacrophage migration inhibitory factor from Ancylostoma ceylanicum
要素AceMIF
キーワードCYTOKINE / macrophage migration inhibitory factor / nematode / hookworm
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine receptor binding / cytokine activity / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cho, Y. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional characterization of a secreted hookworm Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) that interacts with the human MIF receptor CD74.
著者: Cho, Y. / Jones, B.F. / Vermeire, J.J. / Leng, L. / DiFedele, L. / Harrison, L.M. / Xiong, H. / Kwong, Y.K. / Chen, Y. / Bucala, R. / Lolis, E. / Cappello, M.
履歴
登録2007年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence This sequence is unavailable in uniprot database at the time of processing.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AceMIF
B: AceMIF
C: AceMIF
D: AceMIF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9498
ポリマ－52,5654
非ポリマー3844
水5,008278
1
A: AceMIF
ヘテロ分子

A: AceMIF
ヘテロ分子

A: AceMIF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0009
ポリマ－39,4233
非ポリマー5766
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
2
B: AceMIF
C: AceMIF
D: AceMIF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6165
ポリマ－39,4233
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
3
A: AceMIF
B: AceMIF
C: AceMIF
D: AceMIF
ヘテロ分子

A: AceMIF
B: AceMIF
C: AceMIF
D: AceMIF
ヘテロ分子

A: AceMIF
B: AceMIF
C: AceMIF
D: AceMIF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,84724
ポリマ－157,69412
非ポリマー1,15312
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area42980 Å2
ΔGint-296 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
4
A: AceMIF
B: AceMIF
C: AceMIF
D: AceMIF
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,69348
ポリマ－315,38824
非ポリマー2,30624
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.340, 115.340, 199.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

SO4

21A-382-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
AceMIF


分子量: 13141.149 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4GRE3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M potassium sodium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.1
シンクロトロンNSLS X29A20.9565,0.9791,0.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年6月17日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年6月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.95651
30.97911
40.97931
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 88266 / % possible obs: 90.05 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 3.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.071
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20016 4639 5 %RANDOM
Rwork0.19506 ---
obs0.19532 88266 90.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3648 0 20 278 3946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9695052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2045468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28624.5160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91615656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7141528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6061.52368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21723864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58331352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2624.51188
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 205 -
Rwork0.262 3878 -
obs--54.43 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る