[日本語] English
万見
- PDB-2orz: Structural Basis for Ligand Binding and Heparin Mediated Activati... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2orz
タイトルStructural Basis for Ligand Binding and Heparin Mediated Activation of Neuropilin
要素
  • Neuropilin-1
  • Tuftsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / Neuropilin / VEGF / Tuftsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / trigeminal nerve morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / basal dendrite development / protein localization to early endosome / otic placode development / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis ...Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / trigeminal nerve morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / basal dendrite development / protein localization to early endosome / otic placode development / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / neurofilament / postsynapse organization / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / renal artery morphogenesis / Signal transduction by L1 / axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / axonogenesis involved in innervation / sympathetic ganglion development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor activity / negative regulation of axon extension / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / neuropilin signaling pathway / sympathetic nervous system development / coronary artery morphogenesis / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / outflow tract septum morphogenesis / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / axon extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axonal fasciculation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / motor neuron axon guidance / sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / dendrite development / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / endothelial cell migration / neuron development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / integrin-mediated signaling pathway / mitochondrial membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / axon guidance / neuron migration / wound healing / response to wounding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nervous system development / heparin binding / heart development / growth cone / postsynaptic membrane / angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Vander Kooi, C.W. / Jusino, M.A. / Perman, B. / Neau, D.B. / Bellamy, H.D. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for ligand and heparin binding to neuropilin B domains.
著者: Vander Kooi, C.W. / Jusino, M.A. / Perman, B. / Neau, D.B. / Bellamy, H.D. / Leahy, D.J.
履歴
登録2007年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
B: Tuftsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2282
ポリマ－36,2282
非ポリマー00
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.951, 64.653, 102.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 35725.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nrp1 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami-2 / 参照: UniProt: Q9QWJ9
#2: タンパク質・ペプチド Tuftsin


分子量: 502.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Tuftsin purchased from Bachem
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 15% PEG 4K, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月13日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 18747

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2ORX

2orx


解像度: 2.15→28.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.698 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25675 955 5.1 %RANDOM
Rwork0.20377 ---
obs0.20641 17892 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 0 261 2789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.9513523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6545318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51623.388121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60415463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6541522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4511.51624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74722552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07831142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7574.5969
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 58 -
Rwork0.295 1229 -
obs--93.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1557-3.36991.16745.42-1.35986.34180.62990.1424-1.168-0.5603-0.23710.52560.6373-0.2002-0.3928-0.0431-0.0408-0.1025-0.24480.0053-0.0812-7.012-4.988-21.154
24.3237-1.27722.81312.4442-1.08065.8690.133-0.0994-0.1096-0.2373-0.01630.2673-0.1049-0.5288-0.1166-0.08840.03920.0056-0.1481-0.0036-0.184-7.1213.297-20.347
33.5235-1.48632.00641.7532-1.41334.9271-0.10190.08730.3290.0337-0.0583-0.1421-0.34240.1080.1602-0.04310.0151-0.0031-0.18140.0198-0.175-0.267.145-19.128
43.3454-0.37263.78094.96962.460114.68530.26080.3407-0.1985-0.14930.020.01050.83120.3606-0.2808-0.17770.0139-0.0924-0.1639-0.0131-0.095716.912-11.635-1.098
53.9646-1.40480.87423.4567-0.81953.0959-0.1287-0.24290.34660.14510.0351-0.033-0.2312-0.23960.0936-0.0727-0.0072-0.0307-0.1463-0.0242-0.183115.842-2.6925.636
66.95156.9786-2.658627.9762-8.72699.15760.3113-0.0420.0829-0.4453-1.1815-1.6993-0.44051.32140.8702-0.16940.0183-0.0334-0.08120.0497-0.023434.068-3.8051.652
73.0655-0.94870.73341.6455-0.55672.57780.01070.08750.3119-0.0671-0.1548-0.2777-0.0824-0.01050.1441-0.0732-0.0098-0.0032-0.15760.0121-0.114319.293-2.598-0.116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA274 - 3072 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2AA308 - 36836 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3AA369 - 42397 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4AA424 - 457152 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5AA458 - 520186 - 248
6X-RAY DIFFRACTION6AA521 - 537249 - 265
7X-RAY DIFFRACTION7AA538 - 586266 - 314

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る