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- PDB-2oqr: The structure of the response regulator RegX3 from Mycobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqr
タイトルThe structure of the response regulator RegX3 from Mycobacterium tuberculosis
要素Sensory transduction protein regX3
キーワードTRANSCRIPTION / SIGNALING PROTEIN / response regulator / winged-helix-turn-helix / dna-binding / 3D domain swapping / RegX3 / two component system
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphate metabolic process / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / : / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #690 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #690 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / LANTHANUM (III) ION / Sensory transduction protein RegX3 / Sensory transduction protein RegX3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者King-Scott, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Structure of a Full-length Response Regulator from Mycobacterium tuberculosis in a Stabilized Three-dimensional Domain-swapped, Activated State.
著者: King-Scott, J. / Nowak, E. / Mylonas, E. / Panjikar, S. / Roessle, M. / Svergun, D.I. / Tucker, P.A.
履歴
登録2007年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE BIOLOGICAL MOLECULE IS A 3D-DOMAIN SWAPPED DIMER. ...SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE BIOLOGICAL MOLECULE IS A 3D-DOMAIN SWAPPED DIMER. IN THIS DIMER THE BETA-SHEET A IS IN FACT 5-STRANDED WITH THE FIFTH STRAND COMING FROM THE SECOND MOLECULE. SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE BETA-SHEET B IS IN FACT AN ANTI-PARALLEL 4-STRANDED BETA-SHEET. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE S4 HAS BEEN DEFINED BELOW.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory transduction protein regX3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9709
ポリマ－25,0801
非ポリマー8918
水2,936163
1
A: Sensory transduction protein regX3
ヘテロ分子

A: Sensory transduction protein regX3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,94118
ポリマ－50,1592
非ポリマー1,78116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.351, 124.351, 44.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細The biological dimer is generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: -x+1/2, y+1/2, -z.

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要素

#1: タンパク質 Sensory transduction protein regX3


分子量: 25079.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / 遺伝子: regX3 / プラスミド: petM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q11156, UniProt: P9WGL9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン


分子量: 138.905 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: La
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium Acetate, 2-4% PEG 4000, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月26日
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.813 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 16.4 % / Av σ(I) over netI: 6.8 / 数: 314272 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 0.96 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19108 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.325099.310.0640.88415.7
5.817.3210010.0961.0616.4
5.085.8110010.1031.11316.6
4.625.0810010.0941.07116.7
4.294.6210010.091.02416.6
4.034.2910010.11.11116.7
3.834.0310010.121.1616.6
3.663.8310010.1311.11216.7
3.523.6610010.1421.15616.7
3.43.5210010.1661.07616.6
3.33.410010.21.07316.7
3.23.310010.2290.96516.6
3.123.210010.2760.93816.6
3.043.1210010.3250.85516.5
2.973.0410010.3720.82716.4
2.912.9710010.4310.79216.4
2.852.9110010.5280.76316.3
2.82.8510010.5790.73916.2
2.752.810010.6630.72316.1
2.72.7510010.7450.70615.9
反射解像度: 2.03→19.97 Å / Num. all: 23225 / Num. obs: 23179 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Χ2: 1.404 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 2.03→2.06 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1112 / Rsym value: 0.664 / Χ2: 1.66 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.159 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1188 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.179 23225 --
obs0.179 21964 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 17 163 1914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5482.0012402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06932958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.9345227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64923.11777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14515316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9261520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1710.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.3540.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.51175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5572.51820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1685678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.35510581
LS精密化 シェル解像度: 2.033→2.085 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 86 -
Rwork0.252 1543 -
obs-1629 98.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1181.88430.02152.3943-0.43091.54140.1184-0.223-0.2580.187-0.1115-0.27290.13840.0244-0.0069-0.1574-0.0158-0.008-0.15820.0109-0.221430.332-45.4845.228
22.7184-1.38531.72074.4049-0.60387.987-0.0873-0.5366-0.30850.59780.20830.6891-0.2211-0.3437-0.1210.0422-0.04050.1045-0.17710.0996-0.210439.432-13.81117.447
32.4363-0.8496-0.05335.8518-0.60063.6483-0.0648-0.20710.0110.65820.25580.9124-0.2609-0.2897-0.191-0.03860.00660.1205-0.20320.0778-0.087833.689-2.38110.48
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 1074 - 110
22108 - 171111 - 174
33172 - 226175 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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