PDB-2oqj: Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oqj

タイトル

Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1

要素

Fab 2G12 heavy chain
Fab 2G12 light chain
peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Calarese, D.A. / Stanfield, R.L. / Menendez, A. / Scott, J.K. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2008
タイトル: A peptide inhibitor of HIV-1 neutralizing antibody 2G12 is not a structural mimic of the natural carbohydrate epitope on gp120.
著者: Menendez, A. / Calarese, D.A. / Stanfield, R.L. / Chow, K.C. / Scanlan, C.N. / Kunert, R. / Katinger, H. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Scott, J.K.

履歴

登録	2007年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1op3 PDB 未公開エントリS 6msy 6mu3 6mub 6n2x 6n32 6n35 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mnf-d 6cxl-d 6n2x-d 4rbp-d 5iie-d 1fl5-d 6cxg-d 5ir1-d 6a2k-d 3um5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab 2G12 light chain

B: Fab 2G12 heavy chain

C: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

D: Fab 2G12 light chain

E: Fab 2G12 heavy chain

F: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

G: Fab 2G12 light chain

H: Fab 2G12 heavy chain

I: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

J: Fab 2G12 light chain

K: Fab 2G12 heavy chain

L: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

196 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab 2G12 light chain

B: Fab 2G12 heavy chain

C: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

D: Fab 2G12 light chain

E: Fab 2G12 heavy chain

F: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Fab 2G12 light chain

H: Fab 2G12 heavy chain

I: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

J: Fab 2G12 light chain

K: Fab 2G12 heavy chain

L: peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98 kDa, 6 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.264, 171.348, 119.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	G
4	1	J
1	2	B
2	2	E
3	2	H
4	2	K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	2 - 212	1 - 211
2	1	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	2 - 212	1 - 211
3	1	VAL	VAL	GLY	GLY	G	G	2 - 212	1 - 211
4	1	VAL	VAL	GLY	GLY	J	J	2 - 212	1 - 211
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	1 - 228	1 - 224
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	1 - 228	1 - 224
3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	H	H	1 - 228	1 - 224
4	2	GLU	GLU	LYS	LYS	K	K	1 - 228	1 - 224

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Dimeric Fab 2G12-peptide complex, chains A, B, D, E (dimeric Fab) and C, F (peptides) / Dimeric Fab 2G12-peptide complex, chains G, H, J, K (dimeric Fab) and I, L (peptides)

#1: 抗体	Fab 2G12 light chain 分子量: 23001.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Fab 2G12 light chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PIH4
#2: 抗体	Fab 2G12 heavy chain 分子量: 23845.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Fab 2G12 heavy chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089
#3: タンパク質・ペプチド	peptide 2G12.1 (ACPPSHVLDMRSGTCLAAEGK) 分子量: 2146.491 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: synthetic peptide derived from a phage-displayed peptide library
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.7 Å / Num. all: 62018 / Num. obs: 62018 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 58.9 Å² / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3095 / R_sym value: 0.476 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
Blu-Ice		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1op3 with carbohydrate removed from the Fab binding site

1op3
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.8→48.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 39.562 / SU ML: 0.335 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.23 / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27461	3138	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23396	-	-	-
all	0.236	58837	-	-
obs	0.236	58837	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.115 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.14 Å²	0 Å²	7.85 Å²
2-	-	-5.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13685	0	0	0	13685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	14020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.014	1.952	19074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.266	5	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.125	23.84	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.499	15	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.271	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	10464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	9399
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.156	1.5	9177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.272	2	14583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.409	3	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.677	4.5	4491

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1618	medium positional	0.29	0.5
1	2	D	1618	medium positional	0.35	0.5
1	3	G	1618	medium positional	0.34	0.5
1	4	J	1618	medium positional	0.31	0.5
2	1	B	1675	medium positional	0.28	0.5
2	2	E	1675	medium positional	0.29	0.5
2	3	H	1675	medium positional	0.32	0.5
2	4	K	1675	medium positional	0.28	0.5
1	1	A	1618	medium thermal	0.12	2
1	2	D	1618	medium thermal	0.14	2
1	3	G	1618	medium thermal	0.15	2
1	4	J	1618	medium thermal	0.12	2
2	1	B	1675	medium thermal	0.13	2
2	2	E	1675	medium thermal	0.13	2
2	3	H	1675	medium thermal	0.15	2
2	4	K	1675	medium thermal	0.13	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.898 Å / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.525	300	-
R_work	0.443	5747	-
obs	-	-	97.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4622	1.2997	-3.1512	7.9814	-2.8997	4.1866	0.2824	0.3437	0.3323	0.0923	0.1128	0.7841	-0.6607	-0.3616	-0.3951	-0.2937	0.0877	0.0553	-0.3516	0.0862	-0.2699	43.4689	52.555	8.0552
2	2.5822	-3.4983	-1.3454	9.421	0.8158	3.053	0.1448	0.3693	-0.3378	-1.0238	-0.376	0.0394	0.3584	0.1514	0.2312	0.0737	-0.0538	0.0505	-0.2091	0.0305	-0.2748	64.91	42.5266	-17.1995
3	3.1622	-0.3568	-0.5771	6.074	-0.5039	4.3754	0.0129	0.0566	0.0473	0.1292	0.07	0.2812	-0.1071	-0.0676	-0.083	-0.3853	0.0029	0.0439	-0.448	0.0583	-0.3917	48.5929	32.3078	13.3661
4	3.6871	-1.7283	-1.0124	11.6962	1.566	3.2385	0.5509	1.074	0.033	-1.7003	-0.4677	0.064	-0.0006	-0.1433	-0.0833	0.4296	0.2183	-0.0811	0.0836	-0.0758	-0.2729	71.6116	3.0662	-13.9216
5	2.4906	-1.8409	-0.5632	3.8576	0.1078	3.3706	-0.3493	-0.143	-0.6998	0.2501	0.1643	0.3536	0.2414	0.1688	0.185	-0.2938	0.0763	0.1453	-0.3943	0.0512	-0.251	65.2052	-7.2646	22.4123
6	1.2808	0.2258	-0.7318	10.5915	-4.6382	3.0502	0.2171	0.3821	0.4515	-0.684	-0.296	-1.3226	-0.2031	0.321	0.0789	-0.0264	0.0368	0.2482	-0.1423	-0.0061	0.0625	84.3237	4.213	-4.2112
7	4.9089	-0.7615	-1.1102	5.5285	-0.3086	3.4767	-0.0502	0.0417	-0.1222	0.285	0.0567	0.231	-0.0591	0.0485	-0.0065	-0.372	0.0301	0.0679	-0.4816	0.001	-0.416	58.0829	12.7733	19.7815
8	2.8762	0.0444	-0.4367	10.277	-1.5211	3.5027	0.0924	0.1486	0.3108	-0.3118	-0.5665	-1.3613	0.0904	0.8631	0.4741	-0.1339	-0.007	0.081	-0.0253	0.1803	0.1236	77.4734	44.03	-7.5103
9	3.2925	0.4842	-1.533	3.5483	-0.5405	4.2706	-0.2756	-0.0524	-0.8444	-0.011	-0.033	-0.0909	0.2716	-0.0257	0.3086	-0.3604	0.0187	0.1056	-0.443	-0.0001	-0.2434	21.9821	-10.6297	34.3794
10	2.0689	-1.0961	-2.14	7.6504	2.7612	4.0261	0.1018	-0.3454	-0.0771	0.0981	-0.186	0.3823	-0.2826	-0.0117	0.0842	-0.1619	-0.054	0.0686	-0.2083	0.094	-0.3121	-0.7746	-0.0491	58.5769
11	3.1758	-0.1383	-0.9619	4.8554	1.5357	4.2531	-0.1178	-0.1181	-0.2387	-0.0276	-0.0024	-0.2375	0.1252	-0.0456	0.1202	-0.3992	-0.0313	0.0359	-0.4494	0.0201	-0.3935	27.7857	9.7684	38.2311
12	4.3027	-1.4388	-0.7281	11.6002	2.5843	5.7228	0.0759	0.0468	0.3882	0.1982	-0.5248	2.0417	-0.2282	-1.1398	0.4489	-0.1832	-0.0059	0.0174	-0.0778	-0.2093	0.3009	4.0125	39.4352	64.2648
13	5.5273	-0.6822	-3.4697	7.1043	3.2921	4.7426	0.6486	-0.4374	0.6659	0.0351	0.1936	-0.8749	-0.8832	0.499	-0.8422	-0.2586	-0.1727	0.1436	-0.2565	-0.2534	-0.0358	39.3085	49.4781	53.0447
14	3.0357	2.559	-1.6281	12.0285	0.4447	2.3321	0.3739	-0.5455	0.1104	1.5384	-0.245	0.3263	0.2659	-0.0379	-0.1289	0.0617	-0.0876	0.0162	-0.1407	-0.1592	-0.324	15.4406	38.0286	75.3444
15	3.8255	-0.0053	-1.421	5.6457	1.0713	5.0605	0.0769	-0.2254	0.0768	-0.1356	0.0175	-0.4693	-0.0784	0.1759	-0.0944	-0.4016	-0.0462	0.0434	-0.3805	-0.1113	-0.3462	35.4545	29.4282	46.4088
16	3.3836	1.5928	-1.0465	9.4271	-0.4936	4.0646	0.5888	-0.9264	-0.1353	1.3337	-0.4487	0.0521	-0.0253	0.2145	-0.1401	0.1793	-0.056	-0.0753	0.0829	0.1822	-0.3223	10.5405	-1.3021	69.6499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 107	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	108 - 212	107 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 113	1 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	114 - 228	124 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	D	2 - 107	1 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	D	108 - 212	107 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	E	1 - 113	1 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	E	114 - 228	124 - 224
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	G	2 - 107	1 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	G	108 - 212	107 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	H	1 - 113	1 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	H	114 - 228	124 - 224
13	X-RAY DIFFRACTION	13	J	J	2 - 107	1 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	14	J	J	108 - 212	107 - 211
15	X-RAY DIFFRACTION	15	K	K	1 - 113	1 - 123
16	X-RAY DIFFRACTION	16	K	K	114 - 228	124 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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