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- PDB-2oqc: Crystal Structure of Penicillin V acylase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqc
タイトルCrystal Structure of Penicillin V acylase from Bacillus subtilis
要素Penicillin V acylase
キーワードHYDROLASE / NTN-HYDROLASE / PENICILLIN V ACYLASE / CONJUGATED BILE ACID HYDROLASE / CHOLOYLGLYCINE HYDROLASE / BACILLUS SUBTILIS
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase / hydrolase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin V Acylase; Chain A / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin V acylase / Penicillin V acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Suresh, C.G. / Rathinaswamy, P. / Pundle, A.V. / Prabhune, A.A. / Sivaraman, H. / Brannigan, J.A. / Dodson, G.G.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Penicillin V acylase from Bacillus subtilis
著者: Suresh, C.G. / Rathinaswamy, P. / Pundle, A.V. / Prabhune, A.A. / Sivaraman, H. / Brannigan, J.A. / Dodson, G.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary structural studies of penicillin V acylase from Bacillus subtilis
著者: Rathinaswamy, P. / Pundle, A.V. / Prabhune, A.A. / Sivaraman, H. / Brannigan, J.A. / Dodson, G.G. / Suresh, C.G.
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Other
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin V acylase
B: Penicillin V acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0782
ポリマ－74,0782
非ポリマー00
水7,566420
1
A: Penicillin V acylase
B: Penicillin V acylase

A: Penicillin V acylase
B: Penicillin V acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1554
ポリマ－148,1554
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
Buried area16730 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area45610 Å2
手法PISA
2
A: Penicillin V acylase

A: Penicillin V acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0782
ポリマ－74,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
手法PQS
3
B: Penicillin V acylase

B: Penicillin V acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0782
ポリマ－74,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.963, 307.956, 56.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 329 / Label seq-ID: 1 - 327

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin V acylase


分子量: 37038.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: IG20 / 遺伝子: yxeI / プラスミド: pET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2HPP6, UniProt: P54948*PLUS, penicillin amidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 4M sodium formate in 100mM Tris-HCl buffer, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→20 Å / Num. obs: 31859 / Biso Wilson estimate: 40.76 Å2
反射 シェル解像度: 2.497→2.562 Å / % possible all: 96.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PVA

2pva


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.252 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 1705 5.1 %RANDOM
Rwork0.15466 ---
obs0.15785 31859 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---3.35 Å20 Å2
3---3.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.231 Å0.296 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5082 0 0 420 5502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0225198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3411.957056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4245626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.70824.219256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.57915868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9091530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.22492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.23510
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3960.285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6271.53246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60425102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.23832239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4764.51954
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2541 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.120.5
medium thermal2.242
LS精密化 シェル解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 109 -
Rwork0.177 2269 -
obs--96.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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