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万見
- PDB-2opz: AVPF bound to BIR3-XIAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2opz
タイトルAVPF bound to BIR3-XIAP
要素
  • AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
キーワードapoptosis inhibitor / Tetrapeptide / BIR3 domain of XIAP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / Regulation of the apoptosome activity / quinolinate biosynthetic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of type I interferon production / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / protein serine/threonine kinase binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / regulation of cell cycle / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wist, A.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure-activity based study of the Smac-binding pocket within the BIR3 domain of XIAP.
著者: Wist, A.D. / Gu, L. / Riedl, S.J. / Shi, Y. / McLendon, G.L.
履歴
登録2007年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns
Item: _reflns.observed_criterion_sigma_F / _reflns.observed_criterion_sigma_I ..._reflns.observed_criterion_sigma_F / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
E: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
F: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
G: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
H: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,40812
ポリマ－52,1468
非ポリマー2624
水00
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
E: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
G: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2046
ポリマ－26,0734
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
F: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
H: AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2046
ポリマ－26,0734
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.367, 170.367, 170.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP / IAP- ...Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP / IAP-like protein / HILP


分子量: 12604.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC4, API3, IAP3, XIAP / プラスミド: pCOOL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P98170
#2: タンパク質・ペプチド
AVPF (Smac homologue, N-terminal tetrapeptide)


分子量: 432.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 1.6M magnesium sulfate heptahydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 16627 / Num. obs: 15951 / % possible obs: 95.9 %
反射 シェル最高解像度: 3 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: B-correction resolution: 6.0 - 3.0 initial B-factor correction applied to fobs : B33= 0.000 B12= 0.000 B13= 0.000 B23= 0.000 B-factor correction applied to coordinate array B: 1.667 bulk ...詳細: B-correction resolution: 6.0 - 3.0 initial B-factor correction applied to fobs : B33= 0.000 B12= 0.000 B13= 0.000 B23= 0.000 B-factor correction applied to coordinate array B: 1.667 bulk solvent: density level= 0.348327 e/A^3, B-factor= 31.8814 A^2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 14352 -
Rwork0.231 --
obs0.231 15951 95.9 %
all-16627 -
原子変位パラメータBiso mean: 1.667 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3676 0 4 0 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbonds0.011326
X-RAY DIFFRACTIONangles1.78703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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