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万見
- PDB-2opv: Solution NMR Structure of the Second Domain of KSRP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2opv
タイトルSolution NMR Structure of the Second Domain of KSRP
要素KHSRP protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / KH DOMAIN / KSRP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / miRNA metabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA splicing, via transesterification reactions / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to cytokine stimulus ...positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / miRNA metabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA splicing, via transesterification reactions / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to cytokine stimulus / mRNA transport / protein folding chaperone / regulation of mRNA stability / RNA splicing / mRNA processing / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1897) / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 ...: / : / : / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1897) / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Far upstream element-binding protein 2 / Far upstream element-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Diaz-Moreno, I. / Ramos, A. / Garcia-Mayoral, M.F. / Hollingworth, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The NMR Structures of the N-terminal Domains of KSRP
著者: Diaz-Moreno, I. / Hollingworth, D. / Garcia-Mayoral, M.F. / Ramos, A.
履歴
登録2007年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KHSRP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1871
ポリマ－9,1871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 KHSRP protein / KH1 DOMAIN OF K-HOMOLOGY SPLICING RECOGNITION PROTEIN


分子量: 9186.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHSRP / プラスミド: pGEX-JDK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5U4P6, UniProt: Q92945*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D HNCA
1313D HNCO
1413D 13C-NOESY-HSQC
1523D 15N-NOESY-HSQC
162HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM KH2 U-15N,13C; 10mM Tris-HCl pH 7.4; 100mM NaCl; 1mM TCEP; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM KH2 U-15N; 10mM Tris-HCl pH 7.4; 100mM NaCl; 1mM TCEP; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR1.1Hallcollection
NMRPipe2.5Delaglio解析
XEASY2Bartelsデータ解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
ARIA1.2Linge構造決定
ARIA1.2Linge精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2224 restraints, 2149 are NOE-derived distance constraints, 52 dihedral angle restraints, 23 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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