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- PDB-2opo: Crystal structure of the calcium-binding pollen allergen Che a 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2opo
タイトルCrystal structure of the calcium-binding pollen allergen Che a 3
要素Polcalcin Che a 3
キーワードALLERGEN / calcium-binding protein / dimer / domain-swapping / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chenopodium album (シロザ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Verdino, P. / Keller, W.
引用
ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional structure of the cross-reactive pollen allergen Che a 3: visualizing cross-reactivity on the molecular surfaces of weed, grass, and tree pollen allergens.
著者: Verdino, P. / Barderas, R. / Villalba, M. / Westritschnig, K. / Valenta, R. / Rodriguez, R. / Keller, W.
#1: ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2004
タイトル: Profilin (Che a 2) and polcalcin (Che a 3) are relevant allergens of Chenopodium album pollen: isolation, amino acid sequences, and immunologic properties
著者: Barderas, R. / Villalba, M. / Pascual, C.Y. / Batanero, E. / Rodriguez, R.
履歴
登録2007年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年2月6日ID: 1PMZ
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polcalcin Che a 3
B: Polcalcin Che a 3
C: Polcalcin Che a 3
D: Polcalcin Che a 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,95916
ポリマ－38,2544
非ポリマー70512
水4,900272
1
A: Polcalcin Che a 3
B: Polcalcin Che a 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4808
ポリマ－19,1272
非ポリマー3526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Polcalcin Che a 3
D: Polcalcin Che a 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4808
ポリマ－19,1272
非ポリマー3526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.240, 73.874, 68.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Polcalcin Che a 3 / Calcium-binding pollen allergen Che a 3


分子量: 9563.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chenopodium album (シロザ) / プラスミド: pET-11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q84V36
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 22% PEG 4000, 0.1 M alanine/HCl, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 37929 / Num. obs: 37132 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3151 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0017精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1K9U

1k9u


解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.618 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24713 2815 7.8 %RANDOM
Rwork0.19802 ---
all0.20172 37132 --
obs0.20172 33503 95.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2575 0 28 272 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9743817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95634959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9255373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.42322.857154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65415534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6761541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.22259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1170.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1621.51784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3271.5703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75822783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6331155
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9124.51011
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 116 -
Rwork0.267 1343 -
obs-1343 53.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.68525.2724-1.74865.9332-1.96770.6526-0.29580.33930.076-0.4370.33580.07930.0875-0.0913-0.040.0495-0.01940.01150.00950.0373-0.008514.829816.715230.888
22.57512.0834-2.1981.9615-1.52852.2909-0.18850.2241-0.2124-0.34870.0879-0.20330.0483-0.04080.10070.0059-0.0140.0279-0.0352-0.0263-0.077319.960512.623233.3173
31.5116-1.97810.95752.697-1.12810.75-0.0775-0.11590.12530.13430.0647-0.1616-0.09970.03910.0128-0.0871-0.00990.0213-0.03050.011-0.072620.249815.680464.4486
41.0309-1.56141.28012.4017-1.86481.7387-0.1071-0.0210.16160.03210.0359-0.3279-0.07670.02420.0712-0.0682-0.00460.0074-0.02320.002-0.039124.375720.318667.9675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 866 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 866 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 862 - 86
4X-RAY DIFFRACTION4DD5 - 865 - 86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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