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- PDB-2oml: crystal structure of E. coli pseudouridine synthase RluE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oml
タイトルcrystal structure of E. coli pseudouridine synthase RluE
要素Ribosomal large subunit pseudouridine synthase E
キーワードISOMERASE / bifurcated beta sheet / thrombin-cleaved
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine2457 synthase / 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase activity / maturation of LSU-rRNA from tetracistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA, 4.5S-rRNA, 5S-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tetracistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA, 4.5S-rRNA, 5S-rRNA) / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L RNA-binding motif / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, catalytic domain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily ...Alpha-L RNA-binding motif / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, catalytic domain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal large subunit pseudouridine synthase E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pan, H. / Ho, J.D. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of E. coli rRNA Pseudouridine Synthase RluE.
著者: Pan, H. / Ho, J.D. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.
履歴
登録2007年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0177
ポリマ－21,4401
非ポリマー5766
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.310, 56.780, 91.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biologically active protein is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal large subunit pseudouridine synthase E / rRNA-uridine isomerase E / rRNA pseudouridylate synthase E


分子量: 21440.342 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rluE / プラスミド: pET-28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P75966, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 4 mg/ml protein in 10 mM Tris, pH 7.5, 2mM EDTA and 2mM DTT equilibrated against 22% (w/v) MME PEG 2000, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate, crystals were improved by microseeding ...詳細: 4 mg/ml protein in 10 mM Tris, pH 7.5, 2mM EDTA and 2mM DTT equilibrated against 22% (w/v) MME PEG 2000, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate, crystals were improved by microseeding a solution of 18-22% MME PEG 2000, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate and 2 mg/ml protein at pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月2日 / 詳細: double crystal monochrometer
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 13.7 / 数: 241836 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.12 / D res high: 1.2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 52181 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
2.594099.310.0340.817
2.052.5999.810.0540.901
1.792.0599.710.0731.09
1.631.799910.1071.136
1.511.6398.710.1571.288
1.421.5198.310.2471.171
1.351.4297.910.3661.205
1.291.3597.310.5141.208
1.241.2996.610.6731.279
1.21.249410.7131.277
反射解像度: 1.2→40 Å / Num. obs: 52181 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.125 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4929 / Χ2: 1.277 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KSV with N-terminal domain removed

1ksv


解像度: 1.2→28.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.2 / SU ML: 0.024
Isotropic thermal model: restrained individual anisotropic B-factor refinement
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 4982 10 %RANDOM
Rwork0.149 ---
all0.152 49576 --
obs0.152 49576 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 30 191 1664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.9912039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.45932490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2275179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18522.95871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08315243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9641517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.21093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2846
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3320.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0951.51163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6661.5363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.47521464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8513682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7054.5575
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.07133123
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.9813199
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.7532497
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.233 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 276 -
Rwork0.243 2651 -
obs-2927 92.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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