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- PDB-2olj: ABC Protein ArtP in complex with ADP/Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2olj
タイトルABC Protein ArtP in complex with ADP/Mg2+
要素Amino acid ABC transporter
キーワードHYDROLASE / ABC Domain / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


polar-amino-acid-transporting ATPase / ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Amino acid ABC transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of the ATP-binding cassette (ABC) protein ArtP from Geobacillus stearothermophilus reveal a stable dimer in the post hydrolysis state and an asymmetry in the dimerization region
著者: Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.
履歴
登録2007年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Sequence No suitable database references were found at time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter
B: Amino acid ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8978
ポリマ－58,8102
非ポリマー1,0876
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.591, 77.339, 69.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter / ATP-binding protein


分子量: 29405.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: DSMZ 13240 / 遺伝子: artP / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: D0VWX4*PLUS, polar-amino-acid-transporting ATPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.3 % / Av σ(I) over netI: 9.7 / 数: 62653 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.97 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27564 / % possible obs: 92.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.42509510.031.1362.5
3.514.4296.810.0330.7352.5
3.063.5197.510.0590.792.5
2.783.0697.910.1041.0112.5
2.582.7897.910.1531.192.5
2.432.5897.510.1961.0452.3
2.312.439410.2051.0422.1
2.212.3189.210.2321.0211.9
2.122.218210.2470.8531.8
2.052.1274.710.2630.7531.7
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 29925 / Num. obs: 27564 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 2233 / Χ2: 0.753 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→50 Å / FOM work R set: 0.783 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1256 4.2 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-25548 85.6 %-
溶媒の処理Bsol: 48.517 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 36.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.256 Å20 Å24.143 Å2
2--1.976 Å20 Å2
3---6.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3792 0 68 333 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.97
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2212
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3012.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.05-2.080.462360.324690726
2.08-2.110.356340.286751785
2.11-2.140.273420.289754796
2.14-2.170.313340.259808842
2.17-2.210.288380.265845883
2.21-2.250.343360.27842878
2.25-2.290.307450.272858903
2.29-2.330.396480.282898946
2.33-2.380.356470.271946993
2.38-2.430.252560.2429861042
2.43-2.490.324550.2799981053
2.49-2.550.37570.2659801037
2.55-2.620.364500.2610351085
2.62-2.70.332570.28210541111
2.7-2.780.401600.2710491109
2.78-2.880.322530.24110791132
2.88-30.301500.23810351085
3-3.130.277490.23910971146
3.13-3.30.233550.23310821137
3.3-3.510.309590.22310801139
3.51-3.780.198740.17810681142
3.78-4.160.246480.17810781126
4.16-4.760.179540.17210821136
4.76-5.990.192600.19311061166
5.99-500.223590.20610911150
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5ADPlig.paramADPlig.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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