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- PDB-2olc: Crystal structure of 5-methylthioribose kinase in complex with ADP-2Ho -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2olc
タイトルCrystal structure of 5-methylthioribose kinase in complex with ADP-2Ho
要素Methylthioribose kinase
キーワードTRANSFERASE / kinase ADP-2Ho complex
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5-thioribose kinase / S-methyl-5-thioribose kinase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / HOLMIUM ATOM / Methylthioribose kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ku, S.Y. / Smith, G.D. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: ADP-2Ho as a phasing tool for nucleotide-containing proteins.
著者: Ku, S.Y. / Smith, G.D. / Howell, P.L.
履歴
登録2007年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioribose kinase
B: Methylthioribose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4099
ポリマ－90,2802
非ポリマー2,1297
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
2
A: Methylthioribose kinase
B: Methylthioribose kinase
ヘテロ分子

A: Methylthioribose kinase
B: Methylthioribose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,81818
ポリマ－180,5604
非ポリマー4,25814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area14830 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area55030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.200, 83.600, 51.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 3

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYSAA5 - 3965 - 396
2PROPROBB7 - 3967 - 396
詳細The biological unit is a dimer in the assymetric unit

-
要素

#1: タンパク質 Methylthioribose kinase / MTR kinase


分子量: 45139.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mtnK / プラスミド: pTRCHis2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31663, S-methyl-5-thioribose kinase
#2: 化合物
ChemComp-HO / HOLMIUM ATOM / ホルミウムヒドリド


分子量: 164.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ho
#3: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22%(w/v) PEG2000MME, 0.1M TrisHCl pH 7.5 and 0.3M sodium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C11.5362
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 4r1CCD2003年8月27日mirrors
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2004年9月1日osmic
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Ni FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.53621
21.54181
Reflection冗長度: 26.94 % / Av σ(I) over netI: 17.1 / 数: 233838 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 6.55 / D res high: 2.52 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32188 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
5.435099.60.09921.41329.433557
4.315.431000.07610.31829.391865
3.764.311000.087.28227.491663
3.423.761000.0926.05426.361373
3.173.421000.1174.75925.691016
2.993.171000.1413.88425.72851
2.842.991000.1683.36325.89732
2.712.841000.1962.69226.16663
2.612.711000.2272.31626.38539
2.522.6193.60.2672.07126.57619
反射解像度: 2→71.73 Å / Num. obs: 63253 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 26.94 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 21.9 / Scaling rejects: 12878
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2-2.0726.570.4349.216451061691.1597.5
2.07-2.1526.380.3969.516268861461.0997.8
2.15-2.2526.160.3521016256261881.0697.9
2.25-2.3725.890.30111.216177162201.0498.6
2.37-2.5225.720.24212.716146762441.0198.7
2.52-2.7125.690.19415.116338463200.9898.9
2.71-2.9926.360.14218.916795863200.9699.3
2.99-3.4227.490.09526.117744963950.9399.7
3.42-4.3129.390.05242.719251864880.8599.8
4.31-71.7329.430.03852.620256067630.8199.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.77 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.78 / 反射: 32134 / Reflection acentric: 28119 / Reflection centric: 4015
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.2-46.5170.910.930.8915241058466
4.5-7.20.880.890.8344043627777
3.6-4.50.870.880.8454074690717
3.2-3.60.80.80.7954184806612
2.7-3.20.720.710.7295558615940
2.5-2.70.630.630.6458265323503

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.5Lデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→107.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 9.094 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 3148 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.215 63173 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.565 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→107.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5917 0 87 434 6438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9718361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7235744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24124.029278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5615989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6941530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.24305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1650.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2580.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4951.53831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84126027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55832592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.274.52334
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1436TIGHT POSITIONAL0.040.05
1405LOOSE POSITIONAL0.295
1436TIGHT THERMAL0.10.5
1405LOOSE THERMAL0.9710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 209 -
Rwork0.28 4352 -
obs-4561 97.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59950.06240.3711.2183-0.07561.2241-0.04740.05710.2370.0418-0.00010.40260.0372-0.05130.0475-0.1170.03960.0569-0.08920.0510.147863.20227.556920.8721
22.9367-0.1162-0.54711.6281.12331.404-0.0280.1728-0.2582-0.0283-0.16880.45760.1067-0.01840.1968-0.09390.0065-0.0168-0.03550.01250.05960.5708-19.52674.2206
30.82210.17170.04261.04720.14790.3191-0.05610.06980.1707-0.04860.0975-0.00210.01730.033-0.0413-0.03860.02560.0258-0.0030.0812-0.033487.882320.020416.573
40.7334-0.20920.13350.6075-0.06810.3089-0.02520.1519-0.0388-0.00860.03070.0044-0.0140.0312-0.0054-0.03440.01770.01630.02320.0442-0.081585.9864-14.713510.624
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 1205 - 120
22BB7 - 1207 - 120
33AA121 - 396121 - 396
44BB121 - 396121 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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