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- PDB-2oku: The crystal structure of the acyl-CoA dehydrogenase family protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oku
タイトルThe crystal structure of the acyl-CoA dehydrogenase family protein from Porphyromonas gingivalis
要素Acyl-CoA dehydrogenase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / The acyl-CoA dehydrogenase / Porphyromonas gingivalis / PSI-2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase C terminal / Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5-like / : / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal ...Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase C terminal / Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5-like / : / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA dehydrogenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, R. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the acyl-CoA dehydrogenase family protein from Porphyromonas gingivalis
著者: Zhang, R. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase family protein
B: Acyl-CoA dehydrogenase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9322
ポリマ－30,9322
非ポリマー00
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.340, 90.340, 102.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細This protein existed as dimer. The deposited structure represents the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase family protein


分子量: 15465.808 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, residues 443-573 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG_0775 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7MW70
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl, 0.2M LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.57 Å / Num. all: 32189 / Num. obs: 32154 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 31.53
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique all: 2461 / % possible all: 99.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.819 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20541 1716 5.1 %RANDOM
Rwork0.17345 ---
all0.17498 32154 --
obs0.17498 32154 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.476 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.042 Å0.032 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 0 352 2289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9542670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41333299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4515238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40423.455110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53515359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2991523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3360.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5281.51527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2441.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38221919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.123870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2134.5751
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 109 -
Rwork0.225 2331 -
obs-2331 99.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.63 Å / Origin y: -6.657 Å / Origin z: -4.34 Å
111213212223313233
T-0.0004 Å20.0059 Å20.0023 Å2--0.0277 Å2-0.0167 Å2---0.071 Å2
L0.8348 °20.5781 °20.2999 °2-0.9875 °20.1925 °2--0.7317 °2
S0.0427 Å °-0.0698 Å °0.0104 Å °0.0033 Å °-0.0909 Å °0.0266 Å °0.101 Å °-0.0478 Å °0.0482 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA443 - 4801 - 38
2X-RAY DIFFRACTION1AA481 - 52039 - 78
3X-RAY DIFFRACTION1AA521 - 56479 - 122
4X-RAY DIFFRACTION1BB445 - 4803 - 38
5X-RAY DIFFRACTION1BB481 - 52039 - 78
6X-RAY DIFFRACTION1BB521 - 56079 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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