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万見
- PDB-2oks: X-ray Structure of a DNA Repair Substrate Containing an Alkyl Int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oks
タイトルX-ray Structure of a DNA Repair Substrate Containing an Alkyl Interstrand Crosslink at 1.65 Resolution
要素5'-D(*CP*CP*AP*AP*(C34)P*GP*TP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / INTERSTRAND CROSSLINK / DNA DAMAGE
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Swenson, M.C. / Paranawithana, S.R. / Miller, P.S. / Kielkopf, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure of a DNA repair substrate containing an alkyl interstrand cross-link at 1.65 a resolution.
著者: Swenson, M.C. / Paranawithana, S.R. / Miller, P.S. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年7月30日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42017年1月11日Group: Other
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THIS IS A N4C-ETHYL-N4C CROSSLINKED DNA. ONLY HALF OF THE ETHYL LINKER IS PRESENT IN THE ...HETEROGEN THIS IS A N4C-ETHYL-N4C CROSSLINKED DNA. ONLY HALF OF THE ETHYL LINKER IS PRESENT IN THE COORDINATES SINCE IT IS LOCATED ON THE TWO-FOLD AXES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*(C34)P*GP*TP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1794
ポリマ－3,0591
非ポリマー1203
水1,35175
1
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*(C34)P*GP*TP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*(C34)P*GP*TP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3598
ポリマ－6,1182
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)31.870, 24.890, 34.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a double-stranded DNA generated by the crystallographic two-fold axis

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*AP*(C34)P*GP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3059.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: solid phase synthesis of DNA oligo, crosslink phosphoramidite synthesized separately
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化pH: 8
詳細: The purified crosslinked DNA was dissolved in a buffer containing 22 mM ammonium acetate, 11 mM tris-hydroxymethyl-aminomethane (Tris)-HCl pH 8.0, and 11 mM calcium acetate. Crystals were ...詳細: The purified crosslinked DNA was dissolved in a buffer containing 22 mM ammonium acetate, 11 mM tris-hydroxymethyl-aminomethane (Tris)-HCl pH 8.0, and 11 mM calcium acetate. Crystals were grown using the sitting drop vapor diffusion method at 277K, in which 3 uL of a reservoir solution containing 27% 2-3 methyl-pentadiol, 115 mM calcium acetate, and 10 mM Tris-HCl pH 8.0 was added to an equal volume of DNA solution, and the mixture was equilibrated against 700 uL of the reservoir solution. Crystals first appeared after two weeks.
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
12-3 methyl-pentadiol11
2calcium acetate11
3Tris-HCl11
4ammonium acetate11
5H2O11
62-3 methyl-pentadiol12
7calcium acetate12
8Tris-HCl12
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月1日
放射モノクロメーター: mirrors, graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 3043 / Num. obs: 2924 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 38.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.56 % / Mean I/σ(I) obs: 25.7 / Num. unique all: 239 / Rsym value: 0.047 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1EN8

1en8


解像度: 1.65→18.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 992530.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic individual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 162 5.5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all-3043 --
obs-2924 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.6312 Å2 / ksol: 0.353499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20.75 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3---0.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 203 3 75 281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 27 6.3 %
Rwork0.24 403 -
obs--85.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1xlink2.paramxlink2.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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