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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oks | ||||||||||||||||||||
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タイトル | X-ray Structure of a DNA Repair Substrate Containing an Alkyl Interstrand Crosslink at 1.65 Resolution | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / INTERSTRAND CROSSLINK / DNA DAMAGE | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Swenson, M.C. / Paranawithana, S.R. / Miller, P.S. / Kielkopf, C.L. | ![]() ![]() タイトル: Structure of a DNA repair substrate containing an alkyl interstrand cross-link at 1.65 a resolution. 著者: Swenson, M.C. / Paranawithana, S.R. / Miller, P.S. / Kielkopf, C.L. 履歴 |
Remark 600 | HETEROGEN THIS IS A N4C-ETHYL-N4C CROSSLINKED DNA. ONLY HALF OF THE ETHYL LINKER IS PRESENT IN THE ...HETEROGEN THIS IS A N4C-ETHYL-N4C CROSSLINKED DNA. ONLY HALF OF THE ETHYL LINKER IS PRESENT IN THE COORDINATES SINCE IT IS LOCATED ON THE TWO-FOLD AXES. | |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 10.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1en8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a double-stranded DNA generated by the crystallographic two-fold axis |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3059.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: solid phase synthesis of DNA oligo, crosslink phosphoramidite synthesized separately | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: The purified crosslinked DNA was dissolved in a buffer containing 22 mM ammonium acetate, 11 mM tris-hydroxymethyl-aminomethane (Tris)-HCl pH 8.0, and 11 mM calcium acetate. Crystals were ...詳細: The purified crosslinked DNA was dissolved in a buffer containing 22 mM ammonium acetate, 11 mM tris-hydroxymethyl-aminomethane (Tris)-HCl pH 8.0, and 11 mM calcium acetate. Crystals were grown using the sitting drop vapor diffusion method at 277K, in which 3 uL of a reservoir solution containing 27% 2-3 methyl-pentadiol, 115 mM calcium acetate, and 10 mM Tris-HCl pH 8.0 was added to an equal volume of DNA solution, and the mixture was equilibrated against 700 uL of the reservoir solution. Crystals first appeared after two weeks. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors, graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 3043 / Num. obs: 2924 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 38.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.56 % / Mean I/σ(I) obs: 25.7 / Num. unique all: 239 / Rsym value: 0.047 / % possible all: 79.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EN8 解像度: 1.65→18.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 992530.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic individual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.6312 Å2 / ksol: 0.353499 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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