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- PDB-1d61: THE STRUCTURE OF THE B-DNA DECAMER C-C-A-A-C-I-T-T-G-G: MONOCLINI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d61
タイトルTHE STRUCTURE OF THE B-DNA DECAMER C-C-A-A-C-I-T-T-G-G: MONOCLINIC FORM
要素DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*IP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED
機能・相同性CACODYLATE ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Lipanov, A. / Kopka, M.L. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Quintana, J. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Structure of the B-DNA decamer C-C-A-A-C-I-T-T-G-G in two different space groups: conformational flexibility of B-DNA.
著者: Lipanov, A. / Kopka, M.L. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Quintana, J. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Helix Geometry, Hydration, and G.A Mismatch in a B-DNA Decamer
著者: Prive, G.G. / Heinemann, U. / Chandrasegaran, S. / Kan, L.S. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallographic Study of One Turn of G/C-Rich B-DNA
著者: Heinemann, U. / Alings, C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of the B-DNA Decamer C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and Comparison with Isomorphous Decamers C-C-A-A-G-A-T-T-G-G and C-C-A-G-G-C-C-T-G-G
著者: Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1992年2月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 285THE ENTRY COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*IP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2073
ポリマ－3,0301
非ポリマー1772
水1,42379
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*IP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*IP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4146
ポリマ－6,0602
非ポリマー3544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.870, 25.690, 34.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*IP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3029.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: pH 7.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3CA CACODYLATE11
4NA CACODYLATE11
5SPERMIDINE11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.53 mMDNA decamer1dropdouble helix
221.7 mMcalcium acetate1drop
321.7 mMsodium cacodylate1droppH7.0
40.43 mMspermidine1drop
59 %MPD1drop
640 %MPD1reservoir
71

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データ収集

回折平均測定温度: 248 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.3→8 Å / Num. all: 5848 / Num. obs: 5026 / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 5848

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.152 5026
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL IONSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 201 4 79 284
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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