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- PDB-2okn: Crystal Strcture of Human Prolidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okn
タイトルCrystal Strcture of Human Prolidase
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / METALLOCARBOXYPEPTIDASE / DISEASE MUTATION / XAA-PRO DIPEPTIDASE / DIPEPTIDASE / PEPTIDASE D / COLLAGEN DEGRADATION / METALLOAMINOPEPTIDASE / ENZYME / PROTEASE / PEPD GENE / MANGANESE / METAL-BINDING / METALLOPROTEASE / PHOSPHORYLATION / Structural Genomics / Protein Structure Factory / PSF
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / negative regulation of programmed cell death / metallocarboxypeptidase activity / amino acid metabolic process / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase ...: / Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROGENPHOSPHATE ION / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Mueller, U. / Niesen, F.H. / Roske, Y. / Goetz, F. / Behlke, J. / Buessow, K. / Heinemann, U. / Protein Structure Factory (PSF)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Prolidase: The Molecular Basis of PD Disease.
著者: MUELLER, U. / NIESEN, F.H. / ROSKE, Y. / GOETZ, F. / BEHLKE, J. / BUESSOW, K. / HEINEMANN, U.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8329
ポリマ－109,3242
非ポリマー5087
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area35690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.890, 108.960, 212.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a homodimer located within the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Proline dipeptidase / Prolidase / Imidodipeptidase


分子量: 54661.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: RZPD CLONE ID PSFEP250H122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1/PRARE / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / 水素ホスファ-ト


分子量: 95.979 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5M sodium/potassium phosphate, 0.05M sodium chloride, 0.02% sodium acide, 0.02M dithiothreitol, 0.02M manganese chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91838
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月28日
放射モノクロメーター: Si 111 double-crystal-monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91838 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→37.53 Å / Num. all: 44429 / Num. obs: 44429 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.14 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.5 Å / 冗長度: 4.16 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 2626 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2iw2

2iw2


解像度: 2.45→36.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 14.813 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2221 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.18 44426 --
obs0.18 44426 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2---2.42 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→36.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7432 0 19 301 7752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.94810477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43123.115366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.054151284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6341562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.23480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.25197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3210.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.03624926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63537670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05823197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.56432796
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 165 -
Rwork0.206 3123 -
obs-3288 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3967-0.1122-0.13330.68140.58541.80430.0668-0.1192-0.02770.1549-0.0345-0.14920.03650.149-0.0323-0.09780.0251-0.02690.1265-0.004-0.18291.69833.99496.169
22.4567-0.1781-0.59351.5591-0.22621.72490.0134-0.1035-0.32980.21830.0224-0.05160.39240.0939-0.0358-0.01340.0176-0.060.091-0.0477-0.19888.73132.465100.018
30.7339-0.080.54352.0401-0.57232.54980.0120.04030.1201-0.06350.0586-0.1133-0.04940.0105-0.0706-0.12290.03270.0570.0716-0.0075-0.177690.28439.56867.852
40.55880.0580.07581.1169-0.16281.03970.03070.02250.1364-0.03230.0306-0.0526-0.108-0.0186-0.0613-0.14440.04050.05190.10870.0023-0.153784.32857.09371.948
51.46760.4455-0.11231.21070.17740.36540.0189-0.0010.0673-0.04810.02020.19350.0234-0.0715-0.039-0.12710.04610.00110.11680.0024-0.165264.13224.9670.392
61.8655-0.501-0.19361.4603-0.57840.897-0.0355-0.03610.15460.01930.07250.1708-0.1665-0.0044-0.037-0.1230.0041-0.01540.131-0.004-0.115560.44726.20173.81
70.8856-0.28670.17381.5427-0.22540.0538-0.0558-0.0795-0.0579-0.08650.031-0.16990.00720.08660.0249-0.13630.05350.05010.1298-0.0135-0.14493.42720.6170.638
81.7323-0.48090.37591.6017-0.00410.71730.0263-0.0675-0.22740.00490.027-0.13250.16190.0074-0.0533-0.11150.03870.0260.0742-0.0088-0.171689.5451.83474.513
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA7 - 1007 - 100
22AA101 - 197101 - 197
33AA198 - 258198 - 258
44AA259 - 483259 - 483
55BB7 - 1007 - 100
66BB101 - 197101 - 197
77BB198 - 267198 - 267
88BB268 - 483268 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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