PDB-2ojl: Crystal structure of Q7WAF1_BORPA from Bordetella parapertussis. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ojl

タイトル

Crystal structure of Q7WAF1_BORPA from Bordetella parapertussis. Northeast Structural Genomics target BpR68.

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / bpr68 / nesg / Q7WAF1 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

Selenoprotein, Rdx-type / Rdx family / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Q7WAF1_BORPA from Bordetella parapertussis
著者: Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.

履歴

登録	2007年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ojl.cif.gz	48 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ojl.ent.gz	32.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ojl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ojl_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ojl_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	2ojl_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	2ojl_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lur-1 1lur-2 3c0q-d 5suw-d 2ciw-d 5gv8-d 2cj1-d 4d6v-d 3c0s-d 5v8d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BpR68

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

登録者が定義した集合体
49.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.671, 65.671, 76.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 12300.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌) 株: 12822 / 遺伝子: BPP1426 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7WAF1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.83 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch under oil 詳細: 0.1M NH4NO3, 0.1M Na citrate pH 4.0, 20% PEG 1000. Drops: 0.5 microliter protein plus 1 microliter mother liquid, mineral oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97917 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97917 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 10.7 % / Av σ(I) over netI: 12.8 / 数: 198632 / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.81 / D res high: 2.1 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 18616 / % possible obs: 99

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	40	99.6	1	0.056	2.43	10.8
3.59	4.52	98.4	1	0.068	2.759	10.1
3.14	3.59	99.9	1	0.077	2.224	11.1
2.85	3.14	99.9	1	0.092	2.091	11.2
2.65	2.85	99.8	1	0.117	1.691	11.2
2.49	2.65	99.9	1	0.143	1.532	11.1
2.37	2.49	99.7	1	0.176	1.397	11.1
2.26	2.37	99.7	1	0.234	1.252	10.9
2.18	2.26	93.1	1	0.292	1.555	9.1
2.1	2.18	99.6	1	0.348	1.183	10.1

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 18616 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.814 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	10.1	0.348	1860	1.183	1	99.6
2.18-2.26	9.1	0.292	1786	1.555	1	93.1
2.26-2.37	10.9	0.234	1850	1.252	1	99.7
2.37-2.49	11.1	0.176	1875	1.397	1	99.7
2.49-2.65	11.1	0.143	1869	1.532	1	99.9
2.65-2.85	11.2	0.117	1876	1.691	1	99.8
2.85-3.14	11.2	0.092	1873	2.091	1	99.9
3.14-3.59	11.1	0.077	1886	2.224	1	99.9
3.59-4.52	10.1	0.068	1853	2.759	1	98.4
4.52-40	10.8	0.056	1888	2.43	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / FOM work R set: 0.884 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	1670	8.9 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.198	17367	92.8 %

溶媒の処理

B_sol: 44.783 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.872 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.261 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1235	0	0	128	1363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.745	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.339	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.75	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.28	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 33

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.1-2.12	0.192	42	0.224	397	439
2.12-2.14	0.218	63	0.206	404	467
2.14-2.17	0.218	49	0.174	419	468
2.17-2.19	0.209	50	0.226	425	475
2.19-2.22	0.24	45	0.229	403	448
2.22-2.25	0.276	41	0.268	369	410
2.25-2.27	0.315	31	0.266	372	403
2.27-2.3	0.309	50	0.221	465	515
2.3-2.33	0.305	38	0.214	493	531
2.33-2.37	0.232	42	0.189	471	513
2.37-2.4	0.274	53	0.219	473	526
2.4-2.44	0.228	27	0.173	513	540
2.44-2.48	0.191	66	0.196	461	527
2.48-2.52	0.24	51	0.219	510	561
2.52-2.57	0.242	53	0.189	474	527
2.57-2.62	0.271	55	0.228	488	543
2.62-2.67	0.22	58	0.199	488	546
2.67-2.73	0.143	47	0.191	515	562
2.73-2.79	0.286	67	0.22	452	519
2.79-2.86	0.201	38	0.198	529	567
2.86-2.94	0.248	43	0.207	512	555
2.94-3.03	0.266	49	0.209	496	545
3.03-3.12	0.254	56	0.201	522	578
3.12-3.23	0.196	52	0.183	495	547
3.23-3.36	0.293	49	0.211	517	566
3.36-3.52	0.173	46	0.184	518	564
3.52-3.7	0.186	57	0.165	479	536
3.7-3.93	0.179	53	0.175	505	558
3.93-4.23	0.209	55	0.165	511	566
4.23-4.65	0.16	62	0.152	509	571
4.65-5.31	0.157	65	0.181	495	560
5.31-6.65	0.255	65	0.27	508	573
6.65-20	0.2	52	0.221	509	561

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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