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- PDB-2oj6: Crystal Structure of Reovirus T3D Attachment Protein Sigma1 head ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oj6
タイトルCrystal Structure of Reovirus T3D Attachment Protein Sigma1 head domain D345N mutant
要素Viral attachment protein sigma 1
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-barrel / beta-spiral repeat / aspartic acid cluster / greek key motif / trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / virion component / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Virus attachment protein , globular domain / Viral attachment sigma 1, reoviral / Reovirus viral attachment protein sigma 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein sigma-1 / Viral attachment protein sigma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Reovirus sp. (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Stehle, T. / Kirchner, E. / Dermody, T.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Reovirus Sigma1 Aspartic Acid Sandwich: A TRIMERIZATION MOTIF POISED FOR CONFORMATIONAL CHANGE.
著者: Schelling, P. / Guglielmi, K.M. / Kirchner, E. / Paetzold, B. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
履歴
登録2007年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viral attachment protein sigma 1
B: Viral attachment protein sigma 1
C: Viral attachment protein sigma 1
D: Viral attachment protein sigma 1
E: Viral attachment protein sigma 1
F: Viral attachment protein sigma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5698
ポリマ－107,5206
非ポリマー492
水17,168953
1
A: Viral attachment protein sigma 1
B: Viral attachment protein sigma 1
C: Viral attachment protein sigma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7844
ポリマ－53,7603
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
D: Viral attachment protein sigma 1
E: Viral attachment protein sigma 1
F: Viral attachment protein sigma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7844
ポリマ－53,7603
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.020, 51.600, 108.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 305 - 450 / Label seq-ID: 15 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
詳細two copies of biological assembly (trimer) are present in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Viral attachment protein sigma 1


分子量: 17920.049 Da / 分子数: 6 / 断片: head domain / 変異: D345N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Reovirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: S1 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q86337, UniProt: P03528*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium sulfate, 20% PEG 8000; protein concentration 8 mg/ml, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日 / 詳細: undulator
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 79724 / Num. obs: 78687 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 9.6 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 7740 / Rsym value: 41.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: residues 293-455 of 1KKE

1kke


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22364 7920 10.1 %RANDOM
Rwork0.17521 ---
obs0.1801 78676 98.69 %-
all-79724 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20.1 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7550 0 2 953 8505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.93510657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35951001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30423.628339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.573151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5641542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.23493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.25255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0660.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8251.54853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53527861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49632931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6864.52780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A567tight positional0.10.05
2B567tight positional0.090.05
3C567tight positional0.10.05
4D567tight positional0.10.05
5E567tight positional0.080.05
6F567tight positional0.090.05
1A502loose positional0.435
2B502loose positional0.485
3C502loose positional0.475
4D502loose positional0.535
5E502loose positional0.565
6F502loose positional0.565
1A567tight thermal0.320.5
2B567tight thermal0.320.5
3C567tight thermal0.330.5
4D567tight thermal0.30.5
5E567tight thermal0.30.5
6F567tight thermal0.350.5
1A502loose thermal2.3910
2B502loose thermal2.1710
3C502loose thermal2.5610
4D502loose thermal2.0910
5E502loose thermal2.1510
6F502loose thermal2.6310
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 827 -
Rwork0.23 7254 -
obs-8081 98 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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