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万見
- PDB-2oi3: NMR Structure Analysis of the Hematopoetic Cell Kinase SH3 Domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oi3
タイトルNMR Structure Analysis of the Hematopoetic Cell Kinase SH3 Domain complexed with an artificial high affinity ligand (PD1)
要素
  • Tyrosine-protein kinase HCK
  • artificial peptide PD1
キーワードTRANSFERASE / human Hck / SH3 / Src-type tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / regulation of podosome assembly / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of actin filament polymerization ...leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / regulation of podosome assembly / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of actin filament polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / mesoderm development / FCGR activation / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / transport vesicle / phosphotyrosine residue binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of signaling by CBL / non-specific protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / caveola / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / regulation of inflammatory response / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / cytoskeleton / lysosome / cell adhesion / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains ...Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase HCK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Simulated annealing with generalized born solvent model, NMR distance constraints
Model type detailsminimized average
データ登録者Schmidt, H. / Stoldt, M. / Hoffmann, S. / Tran, T. / Willbold, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution Structure of a Hck SH3 Domain Ligand Complex Reveals Novel Interaction Modes
著者: Schmidt, H. / Hoffmann, S. / Tran, T. / Stoldt, M. / Stangler, T. / Wiesehan, K. / Willbold, D.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase HCK
B: artificial peptide PD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8722
ポリマ－10,8722
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1630 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7730 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20Minimized average structure
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase HCK / p59-HCK/p60-HCK / Hemopoietic cell kinase


分子量: 9497.373 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain, residues 60-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCK / プラスミド: pGEX6P2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P08631, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド artificial peptide PD1


分子量: 1374.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1313D 13C/15N-filtered/edited NOESY
1412D 13C/15N-double filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.3mM Hck-SH3 U-13C, U-15N: 1.3mM PD1, 20mM KPO4, 20mM NaCl, pH 6.7, 93% H2O, 7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料状態イオン強度: 20mM KPO4, 20mM NaCl / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio解析
CARA/NEASY1.3.1Kellerデータ解析
RADAR0.9bHerrmann精密化
Amber8Case精密化
VnmrJ1.1dVarian, Inc.解析
CYANA1.1Guentert構造決定
精密化手法: Simulated annealing with generalized born solvent model, NMR distance constraints
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Minimized average structure
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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