[日本語] English
万見
- PDB-2ohy: X-ray Crystal Structure of Tyrosine Aminomutase from streptomyces... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ohy
タイトルX-ray Crystal Structure of Tyrosine Aminomutase from streptomyces globisporus
要素Tyrosine aminomutase
キーワードLyase / Transferase / MIO / 4-methylideneimidizole-5-one
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 2,3-aminomutase / L-tyrosine 2,3-aminomutase activity / tyrosine ammonia-lyase / tyrosine ammonia-lyase activity / toxin biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine 2,3-aminomutase, putative / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal ...Tyrosine 2,3-aminomutase, putative / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MIO-dependent tyrosine 2,3-aminomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Christianson, C. / Bruner, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: The structure of L-tyrosine 2,3-aminomutase from the C-1027 enediyne antitumor antibiotic biosynthetic pathway
著者: Christianson, C.V. / Montavon, T.J. / Van Lanen, S.G. / Shen, B. / Bruner, S.D.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine aminomutase
B: Tyrosine aminomutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6262
ポリマ－116,6262
非ポリマー00
水7,458414
1
A: Tyrosine aminomutase
B: Tyrosine aminomutase

A: Tyrosine aminomutase
B: Tyrosine aminomutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,2524
ポリマ－233,2524
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area33880 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area54960 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.597, 146.178, 75.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is a tetramer generated from the dimer by the operations: x, y, z and -x, -y, z.

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine aminomutase / E.C.5.4.3.6 / ammonia lyase/transferase


分子量: 58312.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア)
株: SgcC4 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GMG0, tyrosine 2,3-aminomutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4.4M sodium formate, 0.1M trimethylamine-N-oxide, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日
詳細: channel-cut Si(111) crystal monochromator followed by a doubly focusing toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35786 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rsym value: 0.132 / Χ2: 1.846 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Num. unique all: 3515 / Χ2: 1.693 / % possible all: 99.7

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.598 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.171 / Cor.coef. Io to Ic: 0.272
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å34.503 Å
Translation4 Å34.503 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B8F

1b8f


解像度: 2.5→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 3435 9.5 %random
Rwork0.192 ---
all0.199 35786 --
obs0.199 34515 95.4 %-
溶媒の処理Bsol: 37.4 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 27.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.396 Å20 Å20 Å2
2--8.039 Å20 Å2
3----3.643 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8021 0 0 414 8435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4532
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1112.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.590.31792920.2493X-RAY DIFFRACTION351599.7
2.59-2.690.30363090.2384X-RAY DIFFRACTION353799.9
2.69-2.820.31423270.2327X-RAY DIFFRACTION3505100
2.82-2.960.28173050.2028X-RAY DIFFRACTION3539100
2.96-3.150.2893400.2062X-RAY DIFFRACTION3554100
3.15-3.390.28473830.2014X-RAY DIFFRACTION3544100
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_MDO_7.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る