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万見
- PDB-2ohj: Crystal Structure of coenzyme F420H2 oxidase (FprA), a diiron fla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ohj
タイトルCrystal Structure of coenzyme F420H2 oxidase (FprA), a diiron flavoprotein, inactive oxidized state
要素Type A flavoprotein fprA
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-lactamase like domain / flavodoxine like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420H2 oxidase / FMN binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Coenzyme F420H(2) oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Seedorf, H. / Warkentin, E. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Structure of coenzyme F420H2 oxidase (FprA), a di-iron flavoprotein from methanogenic Archaea catalyzing the reduction of O2 to H2O.
著者: Seedorf, H. / Hagemeier, C.H. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Warkentin, E. / Ermler, U.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type A flavoprotein fprA
B: Type A flavoprotein fprA
D: Type A flavoprotein fprA
E: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,76627
ポリマ－181,0224
非ポリマー2,74423
水8,989499
1
A: Type A flavoprotein fprA
B: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,86513
ポリマ－90,5112
非ポリマー1,35411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area29130 Å2
手法PISA
2
D: Type A flavoprotein fprA
E: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,90114
ポリマ－90,5112
非ポリマー1,39012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
3
A: Type A flavoprotein fprA
B: Type A flavoprotein fprA
D: Type A flavoprotein fprA
E: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子

A: Type A flavoprotein fprA
B: Type A flavoprotein fprA
D: Type A flavoprotein fprA
E: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,53254
ポリマ－362,0458
非ポリマー5,48746
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area44070 Å2
ΔGint-684 kcal/mol
Surface area102690 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20820 Å2
ΔGint-342 kcal/mol
Surface area52560 Å2
手法PISA
5
B: Type A flavoprotein fprA
E: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子

A: Type A flavoprotein fprA
D: Type A flavoprotein fprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,76627
ポリマ－181,0224
非ポリマー2,74423
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area11560 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area61830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.700, 88.700, 450.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
41E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 402 / Label seq-ID: 2 - 402

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3DC
4ED

-
要素

#1: タンパク質
Type A flavoprotein fprA / FMN-protein fprA / Flavoprotein A


分子量: 45255.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: DSZM2133 / 遺伝子: fprA, fpaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50497, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.001M DDT, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES/KOH, 30% PEG MME 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.992
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→48.11 Å / Num. all: 80298 / Num. obs: 80298 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 6.3 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FprA

解像度: 2.26→48.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 11.583 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23381 4222 5 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
all0.18844 80298 --
obs0.18844 80298 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→48.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12648 0 143 499 13290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.98217708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17251608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84824.014588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.922152212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4331580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.26225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.28834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.58217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.926212816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50335677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4124.54892
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1604medium positional0.130.5
2B1604medium positional0.150.5
3D1604medium positional0.130.5
4E1604medium positional0.120.5
1A1539loose positional0.435
2B1539loose positional0.465
3D1539loose positional0.455
4E1539loose positional0.475
1A1604medium thermal0.442
2B1604medium thermal0.582
3D1604medium thermal0.542
4E1604medium thermal0.542
1A1539loose thermal1.3410
2B1539loose thermal1.510
3D1539loose thermal1.4110
4E1539loose thermal1.4510
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.323 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 294 -
Rwork0.203 5260 -
obs--89.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54650.0257-0.10751.74090.1350.6517-0.05870.1086-0.1406-0.18270.0476-0.06370.1346-0.02330.0111-0.0437-0.03980.0143-0.005-0.0153-0.093974.67172.751120.9
20.5691-0.3073-0.29351.12910.6860.93420.0287-0.02460.0713-0.05960.019-0.0992-0.06520.039-0.0477-0.0931-0.0174-0.0027-0.06820.0241-0.09793.78100.695144.36
30.7159-0.3944-0.09881.3217-0.00140.50270.0006-0.0004-0.0152-0.05560.03530.11880.0001-0.0914-0.0359-0.0962-0.0386-0.0062-0.03770.0077-0.096256.62580.286148.076
40.8644-0.3465-0.27620.7490.29870.5366-0.0343-0.1085-0.11230.07650.0292-0.12390.09260.09210.0052-0.0573-0.0306-0.0311-0.04630.0488-0.033995.4670.35158.222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 4032 - 403
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 4032 - 403
3X-RAY DIFFRACTION3DC2 - 4032 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4ED2 - 4032 - 403

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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