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- PDB-2ohf: Crystal structure of human OLA1 in complex with AMPPCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ohf
タイトルCrystal structure of human OLA1 in complex with AMPPCP
要素GTP-binding protein 9
キーワードHYDROLASE / ATPase / GTPase / P-loop / Obg-like
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet degranulation / ribosomal large subunit binding / ATP metabolic process / platelet alpha granule lumen / Platelet degranulation / ribosome binding / cadherin binding / centrosome / nucleolus / GTP binding ...platelet degranulation / ribosomal large subunit binding / ATP metabolic process / platelet alpha granule lumen / Platelet degranulation / ribosome binding / cadherin binding / centrosome / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Obg-related GTPase Ych/YyaF, coiled-coil domain / Ribosome-binding ATPase YchF/Obg-like ATPase 1 / YchF, C-terminal domain / TGS-like domain superfamily / YchF, N-terminal / Protein of unknown function (DUF933) / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain ...Obg-related GTPase Ych/YyaF, coiled-coil domain / Ribosome-binding ATPase YchF/Obg-like ATPase 1 / YchF, C-terminal domain / TGS-like domain superfamily / YchF, N-terminal / Protein of unknown function (DUF933) / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Beta-grasp domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Obg-like ATPase 1 / Obg-like ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Marquardt, T. / Kostrewa, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Human OLA1 defines an ATPase subfamily in the Obg family of GTP-binding proteins
著者: Koller-Eichhorn, R. / Marquardt, T. / Gail, R. / Wittinghofer, A. / Kostrewa, D. / Kutay, U. / Kambach, C.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3152
ポリマ－44,8101
非ポリマー5051
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.253, 159.831, 55.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein 9 / protein OLA1


分子量: 44809.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTPBP9 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR [pREP4] / 参照: UniProt: Q5BJD7, UniProt: Q9NTK5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 3350, 50 mM TRIS/HCl, 10 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 17590 / Num. obs: 17590 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 70.7 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1797 / Rsym value: 0.82 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entries 1JAL and 1NI3

1jal

1ni3


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 25.569 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Four TLS groups and individual isotropic B-factor corrections.
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 891 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.233 17589 --
obs0.233 17589 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.599 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å20 Å20 Å2
2--2.81 Å20 Å2
3----0.66 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.32 Å / Luzzati sigma a free: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2639 0 31 26 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9773683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84334652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0135321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26324.683126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62215495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9391512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.21954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.21318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.25622114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4622657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.99432622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6124.51325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2161061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 70 -
Rwork0.28 1226 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7441-1.30851.30091.4386-0.86893.00850.180.29950.2211-0.1964-0.2144-0.1186-0.7177-0.22540.03450.37860.22970.06770.14920.04840.096653.286330.89843.3656
21.51420.67030.68655.18823.00084.01060.16730.1968-0.68820.1396-0.19680.20180.7918-1.51230.02950.07770.1076-0.08370.4584-0.10650.004938.661114.2181-11.3547
31.7794-0.28931.43352.28971.65255.5825-0.0179-0.17590.33880.0425-0.0219-0.251-1.0732-0.45990.03980.51320.39270.0540.28340.05710.069445.9839.905211.3472
40.14910.39270.10841.2082-0.28221.93470.04870.0018-0.0165-0.01740.02990.0683-0.1314-0.3162-0.07870.18260.06740.00030.12710.01070.139158.379711.886218.8505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA16 - 15916 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2AA160 - 216160 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3AA217 - 289217 - 289
4X-RAY DIFFRACTION4AA290 - 388290 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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