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万見
- PDB-2oh5: The Crystal Structure of Infectious Cypovirus Polyhedra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oh5
タイトルThe Crystal Structure of Infectious Cypovirus Polyhedra
要素Polyhedrin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN / beta barrel / intracellular crystal / nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Coulibaly, F. / Chiu, E. / Ikeda, K. / Gutmann, S. / Haebel, P.W. / Schulze-Briese, C. / Mori, H. / Metcalf, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: The molecular organization of cypovirus polyhedra.
著者: Coulibaly, F. / Chiu, E. / Ikeda, K. / Gutmann, S. / Haebel, P.W. / Schulze-Briese, C. / Mori, H. / Metcalf, P.
履歴
登録2007年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9857
ポリマ－28,3871
非ポリマー1,5986
水5,152286
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,82084
ポリマ－340,64912
非ポリマー19,17172
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
2
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,97014
ポリマ－56,7752
非ポリマー3,19512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area56880 Å2
手法PISA
3
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,95521
ポリマ－85,1623
非ポリマー4,79318
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.777, 102.777, 102.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

21A-317-

HOH

31A-318-

HOH

41A-320-

HOH

51A-326-

HOH

61A-344-

HOH

71A-396-

HOH

詳細The whole micron-sized crystals, called polyhedra, are the biological units. Polyhedra crystallize in the cytoplasm of CPV-infected cells and protect the virus particles.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyhedrin / C-polyhedrin


分子量: 28387.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The microcrystals of the polyhedrin protein, called polyhedra, are purified from CPV-infected silkworms, Bombyx Mori.
由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 生物種: Cypovirus 1 / 参照: UniProt: O10693

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非ポリマー , 6種, 292分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶化温度: 298 K
詳細: The microcrystals used to determine this structure were directly purified from cells, in vivo crystallization in the cytoplasm of the cell, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9983 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月5日 / 詳細: MD2 diffractometer
放射モノクロメーター: sagitally horizontal focussing Si(111); meridionally vertical focussing Rh-coated mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→20 Å / Num. all: 12757 / Num. obs: 12630 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1242 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→18.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.968 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.154 1257 10 %RANDOM
Rwork0.093 ---
all0.099 12733 --
obs0.099 12605 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.483 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→18.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 95 286 2390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.9823029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8743.0013546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.595259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97323.559118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47915346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9471517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.270.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.51639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.5508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96822029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84231167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6854.5994
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 98 -
Rwork0.134 828 -
obs-926 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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