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万見
- PDB-2ogj: Crystal structure of a dihydroorotase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ogj
タイトルCrystal structure of a dihydroorotase
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / Binuclear Zinc / imidazole complex / amido hydrolase / 9244b / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


deacetylase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deacetylase Atu3266-like / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...Deacetylase Atu3266-like / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Deacetylase Atu3266 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Sugadev, R. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a dihydroorotase
著者: Sugadev, R. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
B: Dihydroorotase
C: Dihydroorotase
D: Dihydroorotase
E: Dihydroorotase
F: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,87420
ポリマ－273,9516
非ポリマー92314
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14630 Å2
ΔGint-499 kcal/mol
Surface area72120 Å2
手法PISA
2
A: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7893
ポリマ－45,6591
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7893
ポリマ－45,6591
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
C: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8584
ポリマ－45,6591
非ポリマー2003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
D: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8584
ポリマ－45,6591
非ポリマー2003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
E: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7893
ポリマ－45,6591
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
F: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7893
ポリマ－45,6591
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.650, 139.200, 206.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a hexamer

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要素

#1: タンパク質
Dihydroorotase / Hypothetical protein Atu3266


分子量: 45658.520 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UAV1, UniProt: Q7CS13*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C10.9798
シンクロトロンAPS 31-ID20.9798
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年11月20日Mirrors
MAR CCD 165 mm2CCD2006年12月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(III)MADMx-ray1
2Kohzu HLD-4 double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. all: 148434 / Num. obs: 148434 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.62→2.76 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.62→39.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 466436.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 4173 3 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.256 139800 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4289 Å2 / ksol: 0.356021 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.41 Å20 Å20 Å2
2--14.37 Å20 Å2
3----6.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16450 0 22 113 16585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 560 2.8 %
Rwork0.378 19679 -
obs--80.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein1.paramprotein1.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5imd_xplor_par.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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