PDB-2ogb: Crystal structure of the C-terminal domain of mouse Nrdp1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ogb

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of mouse Nrdp1

要素

RING finger protein 41

キーワード

LIGASE / E3 ubiquitin ligase / Receptor-binding region

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of lymphocyte differentiation / interleukin-3 receptor binding / erythropoietin receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / endoplasmic reticulum tubular network / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of mitophagy / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of MAPK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bouyain, S. / Leahy, D.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structure-based mutagenesis of the substrate-recognition domain of Nrdp1/FLRF identifies the binding site for the receptor tyrosine kinase ErbB3.
著者: Bouyain, S. / Leahy, D.J.

履歴

登録	2007年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ogb.cif.gz	67.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ogb.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ogb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ogb_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ogb_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	2ogb_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	2ogb_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2ogb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2ogb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mxp-d 5nc2-1 2bmm-d 5nd0-1 4xs5-3 3mdp-d 1axx-d 2p0d-d 6rd2-2 6rd2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RING finger protein 41

B: RING finger protein 41

ヘテロ分子

29.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RING finger protein 41

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RING finger protein 41

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: RING finger protein 41

ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.427, 58.227, 37.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	RING finger protein 41 分子量: 14507.568 Da / 分子数: 2 / 断片: Nrdp1 C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rnf41 / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8BH75, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 8000, 180 mM potassium thiocyanate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.9792

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月27日

放射

モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.5 % / Av σ(I) over netI: 26.1 / 数: 89260 / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.01 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 19750 / % possible obs: 86.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	30	85.5	1	0.078	0.961	5.3
3.42	4.31	89.5	1	0.074	0.883	5.3
2.99	3.42	91.9	1	0.092	0.948	5.2
2.71	2.99	92.2	1	0.117	0.937	5.2
2.52	2.71	92.3	1	0.143	1.008	5.1
2.37	2.52	93.1	1	0.158	1.079	4.9
2.25	2.37	92.7	1	0.183	1.155	4.2
2.15	2.25	91	1	0.227	1.139	3.7
2.07	2.15	79.7	1	0.275	1.136	2.9
2	2.07	60.9	1	0.306	1.094	2.4

反射

解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 20628 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 25.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	2.3	0.336	1348	0.983	1	56.6
2.02-2.1	2.7	0.286	1750	0.958	1	71.9
2.1-2.2	3.2	0.252	2092	0.987	1	87.1
2.2-2.31	3.9	0.193	2211	0.995	1	92.1
2.31-2.46	4.6	0.162	2236	0.977	1	92.8
2.46-2.65	4.9	0.147	2248	0.984	1	92.9
2.65-2.91	5	0.12	2225	0.974	1	91.8
2.91-3.33	5.1	0.095	2206	1.006	1	91.6
3.33-4.2	5.1	0.075	2193	1.001	1	89.6
4.2-30	5.2	0.077	2119	1.026	1	85.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	26.532	0.255	0.498	0.166	0.92
2	Se	25.319	0.728	0.146	0.221	0.938
3	Se	41.582	0.433	0.149	0.378	0.906
4	Se	44.52	0.446	0.056	0.469	0.992
5	Se	25.73	0.268	0.449	0.228	0.683
6	Se	46.678	0.372	0.155	0.445	0.924
7	Se	35.932	0.246	0.112	0.112	0.797
8	Se	30.06	0.763	0.112	0.327	0.646
9	Se	54.188	0.413	0.182	0.14	1.09
10	Se	53.651	0.61	0.127	0.478	1.121
11	Se	43.139	0.566	0.129	0.185	0.874
12	Se	46.276	0.216	0.031	0.39	0.711

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.5 / 反射: 15198 / Reflection acentric: 14480 / Reflection centric: 718

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-29.68	0.86	0.89	0.67	615	534	81
3.9-6.3	0.87	0.89	0.73	2015	1872	143
3.1-3.9	0.8	0.81	0.6	2553	2425	128
2.8-3.1	0.64	0.65	0.44	2634	2515	119
2.4-2.8	0.48	0.48	0.33	4606	4447	159
2.2-2.4	0.32	0.32	0.22	2775	2687	88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 9.879 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	972	4.8 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.213	20090	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.68 Å²	0 Å²	0.8 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1960	0	15	122	2097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.95	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.463	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.263	24.49	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.979	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.593	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.281	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.325	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.382	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.539	1.5	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.865	2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.334	3	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.797	4.5	723

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.002 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	43	-
R_work	0.307	801	-
obs	-	844	89.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8674	-2.0104	-1.4329	4.2253	2.4997	3.1592	-0.0641	-0.1869	0.0622	0.0886	0.0978	-0.0424	-0.0152	0.054	-0.0338	-0.2509	0.0061	-0.0143	-0.2796	0.0009	-0.1915	-38.629	-0.446	1.433
2	3.4371	-0.3525	-0.7083	2.4146	-0.4662	4.9036	0.0016	0.0488	-0.0899	-0.1765	-0.0038	-0.2133	0.2958	0.8959	0.0022	-0.2211	0.0497	-0.037	-0.0405	-0.016	-0.187	-14.677	-21.733	-13.227

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	198 - 296	7 - 105
2	1	A	A	306 - 314	115 - 123
3	2	B	B	198 - 296	7 - 105
4	2	B	B	306 - 314	115 - 123

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