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万見
- PDB-2og4: Structure of an expanded Jab1-MPN-like domain of splicing factor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2og4
タイトルStructure of an expanded Jab1-MPN-like domain of splicing factor Prp8p from yeast
要素Pre-mRNA-splicing factor 8
キーワードPROTEIN BINDING / isopeptidase / Jab1/MPN domain / pre-mRNA splicing / protein-protein interaction / Prp8p / pseudoenzyme / spliceosome activation / U5-200K protein
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 ...Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribonuclease H-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pena, V. / Liu, S. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of a multipartite protein-protein interaction domain in splicing factor prp8 and its link to retinitis pigmentosa.
著者: Pena, V. / Liu, S. / Bujnicki, J.M. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7441
ポリマ－28,7441
非ポリマー00
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.465, 78.465, 122.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

HOH

詳細The biological assembly is the monomer (content of the asymmetric unit)

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 28743.521 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (residues 2147-2397) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: RM11-1a / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P33334
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5 % PEG 3350, 0.01 M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW611.05
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW620.97890, 0.97920, 0.95000
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2006年10月4日mirrors
MAR CCD 165 mm2CCD2006年10月4日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.051
20.97891
30.97921
40.951
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 26671 / Num. obs: 26084 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2003 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345345DTBデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.133 / SU ML: 0.114 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24149 1315 5 %RANDOM
Rwork0.20176 ---
obs0.20382 24738 97.82 %-
all-25289 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.831 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å20 Å20 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3---2.84 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.162 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 0 312 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.9462828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9615256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86525.15299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88715358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.013156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21395
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7241.51316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25122055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4443893
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3644.5773
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 90 -
Rwork0.287 1756 -
obs--96.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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