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万見
- PDB-2ofi: Crystal Structure of 3-methyladenine DNA Glycosylase I (TAG) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ofi
タイトルCrystal Structure of 3-methyladenine DNA Glycosylase I (TAG) bound to DNA/3mA
要素
  • 3-methyladenine DNA glycosylase I, constitutive
  • 5'-D(*CP*CP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*CP*GP*GP*G)-3'
キーワード3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE I/DNA / 3-Methyladenine / DNA repair / Glycosylase / Base Excision / Helix-hairpin-Helix / 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE I-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-3-methyladenine glycosylase I / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase I / Methyladenine glycosylase / Methyladenine glycosylase / Hypothetical protein; domain 2 / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / DNA / DNA (> 10) / 3-methyladenine DNA glycosylase I
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Metz, A.H. / Hollis, T. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: DNA damage recognition and repair by 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG).
著者: Metz, A.H. / Hollis, T. / Eichman, B.F.
履歴
登録2007年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*CP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*C)-3'
A: 3-methyladenine DNA glycosylase I, constitutive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5386
ポリマ－28,3013
非ポリマー2383
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.963, 101.963, 55.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CB

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*CP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3614.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3579.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 3-methyladenine DNA glycosylase I, constitutive / 3-methyladenine DNA glycosylase I


分子量: 21107.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: tag / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z2A5

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非ポリマー , 4種, 162分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ADK / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / 3-METHYLADENINE / 3-メチルアデニン


分子量: 149.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2PEG11
3HEPES11
4H2O11
5ammonium sulfate12
6PEG12
7HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 28261 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5415 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.423 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19784 1420 5 %RANDOM
Rwork0.17555 ---
obs0.17666 26778 99.93 %-
all-28215 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1445 476 13 159 2093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8682.2572898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1945183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46323.62369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80215249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1521510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2660.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0271.5916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78121464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66231294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7354.51434
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 199 -
Rwork0.2 3856 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40890.48560.41021.58550.3461.1416-0.06560.0333-0.0202-0.12940.0498-0.0163-0.06320.04950.0158-0.0447-0.0023-0.008-0.0947-0.0054-0.05940.260739.201444.4867
25.56035.9924-7.1337.6087-8.473214.5736-1.21560.6243-0.3053-1.07950.4198-0.11561.7472-1.01220.79580.0486-0.14050.27120.0555-0.0085-0.0729-3.391822.952166.723
32.478-0.68561.53581.4483-1.13833.2479-0.0870.0375-0.16010.1238-0.0345-0.04520.02350.0020.1215-0.01080.0037-0.0062-0.0054-0.01140.058611.177123.271452.9345
456.693823.075258.563565.8232-7.309277.68470.8613-1.605-0.0834-1.35321.49570.14280.8839-2.5872-2.357-0.0023-0.01080.01140.0013-0.00340.0055-2.019525.288551.5295
50.91220.7449-0.201515.187918.029422.7490.02270.0349-0.80820.3660.3099-0.0880.57390.5128-0.33260.02540.00510.0003-0.00290.0427-0.00215.395230.638359.7261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 1841 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1AD3021
3X-RAY DIFFRACTION1AF3011
4X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 61 - 6
5X-RAY DIFFRACTION2CA6 - 126 - 12
6X-RAY DIFFRACTION3BB8 - 128 - 12
7X-RAY DIFFRACTION3CA1 - 41 - 4
8X-RAY DIFFRACTION4BB77
9X-RAY DIFFRACTION5CA55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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