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- PDB-2ofc: The crystal structure of Sclerotium rolfsii lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ofc
タイトルThe crystal structure of Sclerotium rolfsii lectin
要素Sclerotium rolfsii lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / dual specificity
機能・相同性Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Athelia rolfsii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for the Carbohydrate Recognition of the Sclerotium rolfsii Lectin
著者: Leonidas, D.D. / Swamy, B.M. / Hatzopoulos, G.N. / Gonchigar, S.J. / Chachadi, V.B. / Inamdar, S.R. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.
履歴
登録2007年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ... SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sclerotium rolfsii lectin
B: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7748
ポリマ－32,1792
非ポリマー5956
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
2
A: Sclerotium rolfsii lectin
B: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子

A: Sclerotium rolfsii lectin
B: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,54816
ポリマ－64,3594
非ポリマー1,19012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area9880 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
3
B: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子

B: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子

A: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子

A: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,54816
ポリマ－64,3594
非ポリマー1,19012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation4_554y+1/2,-x+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
Buried area6660 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
4
B: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子

A: Sclerotium rolfsii lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7748
ポリマ－32,1792
非ポリマー5956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y+1/2,-x+1/2,z-1/21
Buried area2500 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.811, 99.811, 63.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1137-

HOH

詳細The asymmetric unit contains a dimer which is the biological unit of SRL

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要素

#1: タンパク質 Sclerotium rolfsii lectin


分子量: 16089.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Athelia rolfsii (菌類)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris/HCl, 30% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8441 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8441 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. all: 127739 / Num. obs: 127739 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 13.1 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.11→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.487 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13275 6424 5 %RANDOM
Rwork0.11894 ---
obs0.11963 121313 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.023 Å0.023 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 16 485 2844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.923300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89234865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86524.559136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4715400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6261515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.330.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.22158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4881.51847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4991.5584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85222310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35331193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0354.5990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.35835587
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.1413461
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.98634476
LS精密化 シェル解像度: 1.11→1.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.104 434 -
Rwork0.096 8522 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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