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万見
- PDB-2oey: Solution Structure of a Designed Spirocyclic Helical Ligand Bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oey
タイトルSolution Structure of a Designed Spirocyclic Helical Ligand Binding at a Two-Base Bulge Site in DNA
要素DNA (25-MER)
キーワードDNA / Designed spirocyclic helical ligand-bulged DNA complex
機能・相同性Chem-S2A / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Zhang, N. / Lin, Y. / Xiao, Z. / Jones, G.B. / Goldberg, I.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Solution Structure of a Designed Spirocyclic Helical Ligand Binding at a Two-Base Bulge Site in DNA.
著者: Zhang, N. / Lin, Y. / Xiao, Z. / Jones, G.B. / Goldberg, I.H.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Solution structure of a two-base DNA bulge complexed with an enediyne cleaving analogue
著者: Stassinopoulos, A. / Ji, J. / Gao, X. / Goldberg, I.H.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Induced formation of a DNA bulge structure by a molecular wedge ligand-post activated neocarzinostatin chromophore
著者: Gao, X. / Stassinopolous, A. / Ji, J. / Kwon, Y. / Bare, S. / Goldberg, I.H.
履歴
登録2007年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2212
ポリマ－7,6811
非ポリマー5401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 10back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7680.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This is an artifical sequence
#2: 化合物 ChemComp-S2A / (1R,3A'S,10'S,10A'R)-7-METHOXY-2-OXO-10',10A'-DIHYDRO-2H,3A'H-SPIRO[NAPHTHALENE-1,3'-PENTALENO[1,2-B]NAPHTHALEN]-10'-YL 2,6-DIDEOXY-2-(METHYLAMINO)-ALPHA-D-GALACTOPYRANOSIDE / SPIROCYCLIC ALKENE


分子量: 539.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H33NO6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
1322D TOCSY
142DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard methods for DNA-drug complex.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110mM phosphate buffer; 100 mM NaCl90% H2O/10% D2O
210mM phosphate buffer; 100 mM NaCl100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM NaCl 6.8 ambient 273 K
2100 mM NaCl 6.8 ambient 283 K
3100 mM NaCl 6.8 ambient 298 K
4100 mM NaCl 6.8 ambient 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Bruger精密化
Felix2000データ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 531 restraints, 506 are NOE-derived distance constraints, 25 dihedral angle restraints,40 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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