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- PDB-2oeu: Full-length hammerhead ribozyme with Mn(II) bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oeu
タイトルFull-length hammerhead ribozyme with Mn(II) bound
要素
  • 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*(OMC)P*CP*UP*GP*GP*(5BU)P*AP*UP*CP*CP*AP*AP*UP*CP*(DC))-3'
  • Hammerhead Ribozyme
キーワードRNA / RIBOZYME / HAMMERHEAD RNA / STEM-LOOP INTERACTION / URIDINE TURN / A-FORM HELIX / Manganese / Mn
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / same cell as 2goz / 解像度: 2 Å
データ登録者Martick, M. / Scott, W.G.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Solvent structure and hammerhead ribozyme catalysis.
著者: Martick, M. / Lee, T.S. / York, D.M. / Scott, W.G.
履歴
登録2007年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hammerhead Ribozyme
B: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*(OMC)P*CP*UP*GP*GP*(5BU)P*AP*UP*CP*CP*AP*AP*UP*CP*(DC))-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7097
ポリマ－20,4342
非ポリマー2755
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.312, 68.981, 60.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 Hammerhead Ribozyme


分子量: 14021.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: enzyme strand was obtained by T7 RNA transcription
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*GP*UP*(OMC)P*CP*UP*GP*GP*(5BU)P*AP*UP*CP*CP*AP*AP*UP*CP*(DC))-3'


分子量: 6412.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: substrate strand was obtained by Solid-phase chemical synthesis
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: THE ENZYME AND SUBSTRATE WERE MIXED IN EQUIMOLAR AMOUNTS IN A SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 5.5, 1.5 MM EDTA. THE COMPLEX WAS FORMED BY INCUBATING THE MIXTURE AT 95C FOR 2 MIN., THEN AT ...詳細: THE ENZYME AND SUBSTRATE WERE MIXED IN EQUIMOLAR AMOUNTS IN A SOLUTION CONTAINING 50 MM MES PH 5.5, 1.5 MM EDTA. THE COMPLEX WAS FORMED BY INCUBATING THE MIXTURE AT 95C FOR 2 MIN., THEN AT 65C FOR 2 MIN., AND FINALLY AT 27C FOR 5 MIN. 1 MM MGCL2 WAS INCLUDED IN THE MIXTURE BEFORE THE FINAL INCUBATION STEP. A 10 MG/ML CONCENTRATION OF RNA WAS USED FOR THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.5M (NH4)2SO4, 100 MM MES PH 6.5, AND 35% PEG 3350. AFTER MIXING THE RESERVOIR SOLUTION, THE SALT AND PEG PHASES WERE ALLOWED TO SEPARATE, AND ONLY THE SALT PHASE WAS USED FOR THE DROPS. THE CRYSTALS GREW IN HANGING DROPS OF 2 MICROLITERS AFTER 12 MONTHS OF INCUBATION AT 28C. THE CRYSTALS WERE WASHED IN THE SALT PHASE OF THE RESERVOIR SOLUTION PRIOR TO CRYO-FREEZING, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2EDTA11
3MGCL211
4PEG11
5(NH4)2SO411
6H2O11
7MES11
8EDTA12
9MGCL212
10PEG12
11(NH4)2SO412

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.37756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.52 Å / Num. obs: 12527 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / Num. unique all: 1814 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0021精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: same cell as 2goz
開始モデル: 2goz

2goz
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→55.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 8.559 / SU ML: 0.125 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Simulated annealing and TLS refinement in phenix followed by refmac.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22087 1234 9.9 %RANDOM
Rwork0.16586 ---
all0.17143 11277 --
obs0.17143 11277 96.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-1.51 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.171 Å0.192 Å
Luzzati sigma a-0.125 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→55.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1349 5 195 1549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72832339
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.280.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4432120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9334.52339
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 94 -
Rwork0.187 822 -
obs-916 96.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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