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- PDB-2ocx: Crystal structure of Se-Met fucosyltransferase NodZ from Bradyrhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ocx
タイトルCrystal structure of Se-Met fucosyltransferase NodZ from Bradyrhizobium
要素Nodulation fucosyltransferase NodZ
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / fucosyltransferase / NodZ / nodulation
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide biosynthetic process / hexosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Nodulation protein Z / Nodulation protein Z (NodZ) / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain profile. / Rossmann fold - #11340 / Rossmann fold - #11350 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Nodulation fucosyltransferase NodZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium sp. (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brzezinski, K. / Stepkowski, T. / Panjikar, S. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2007
タイトル: High-resolution structure of NodZ fucosyltransferase involved in the biosynthesis of the nodulation factor.
著者: Brzezinski, K. / Stepkowski, T. / Panjikar, S. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of Bradyrhizobium fucosyltransferase NodZ
著者: Brzezinski, K. / Rogozinski, B. / Stepkowski, T. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1997
タイトル: Rhizobium sp. strain NGR234 NodZ protein is a fucosyltransferase
著者: Quesada-Vincens, D. / Fellay, R. / Nasim, T. / Viprey, V. / Burger, U. / Prome, J.C. / Broughton, W.J. / Jabbouri, S.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Bacterial nodulation protein NodZ is a chitin oligosaccharide fucosyltransferase which can also recognize related substrates of animal origin
著者: Quinto, C. / Wijfjes, A.H. / Bloemberg, G.V. / Blok-Tip, L. / Lopez-Lara, I.M. / Lugtenberg, B.J. / Thomas-Oates, J.E. / Spaink, H.P.
履歴
登録2006年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodulation fucosyltransferase NodZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5645
ポリマ－38,1571
非ポリマー4074
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.2, 124.2, 96.2
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-359-

HOH

21A-398-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nodulation fucosyltransferase NodZ


分子量: 38157.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: WM9 / 遺伝子: nodZ / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)RIPL
参照: UniProt: Q9AQ17, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.3M potassium dihydrogen phosphate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9537, 0.9787, 0.9790
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月20日
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97871
30.9791
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 22641 / Num. obs: 22609 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 42.6 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 56
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 43.1 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique all: 2202 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.947 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The refinement included TLS parameters. Residues 179-190, 245-256 and 318-330 were not modeled due to lack of electron density. There was no observed electron density for side chain atoms of ...詳細: The refinement included TLS parameters. Residues 179-190, 245-256 and 318-330 were not modeled due to lack of electron density. There was no observed electron density for side chain atoms of residues 87, 102, 118, 119, 177, 178, 191, 193, 227, 258, 259, 305, 306, 307, 310. Those atoms were modeled with zero occupancy and B-factor of 70 A2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1062 4.7 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.186 22625 --
obs0.186 22498 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å2-0.71 Å20 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2349 0 23 180 2552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.963290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51122.155116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57715396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0071528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0041.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4562.52393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.06551061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.57110897
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 84 -
Rwork0.223 1519 -
obs-1603 99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.519-0.2017-0.17073.6049-0.981.58950.0378-0.0868-0.09470.0905-0.0546-0.1882-0.01610.04810.0168-0.17590.00330.0375-0.11480.0092-0.1582-0.396-54.19912.1647
23.6702-2.3207-1.29344.03721.71093.0038-0.0423-0.29310.12580.21430.0714-0.0147-0.06550.1145-0.0292-0.12380.02350.0389-0.08330.0126-0.1169-16.6828-30.64732.6332
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
112 - 1502 - 150
22151 - 317151 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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