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- PDB-2ocd: Crystal structure of L-asparaginase I from Vibrio cholerae O1 bio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ocd
タイトルCrystal structure of L-asparaginase I from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
要素L-asparaginase I
キーワードHYDROLASE / L-asparaginase I / SAD / MCSG / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


asparaginase / asparaginase activity / amino acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain ...Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Nocek, B. / Wu, R. / Osipiuk, J. / Moy, S. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L-asparaginase I from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Nocek, B. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年1月30日ID: 2H7K
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN, BUT BASED ON THE ASYMMETRIC UNIT ARCHITECTURE EITHER DIMER OR TETRAMER ARE POSSIBLE BIOLOGICAL UNITS. THE ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase I
B: L-asparaginase I
C: L-asparaginase I
D: L-asparaginase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2949
ポリマ-149,9664
非ポリマー3285
9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area48280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.235, 117.838, 121.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-asparaginase I


分子量: 37491.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / : N16961 / 遺伝子: O1 biovar eltor / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KQK3
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: 2M Ammonium Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 55186 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 17.687 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2739 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 50838 97.4 %-
all-50838 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20.12 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10089 0 22 524 10635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02210389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8221.97714109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.159316972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26251328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05625.081431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.026151745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3731541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.27254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.25078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.25714
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1780.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0651.57779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1511.52668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.328210700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33334153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3294.53407
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 218 -
Rwork0.245 3517 -
obs--93.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58271.81190.771.53530.33252.42490.0163-0.1554-0.52070.00080.042-0.10750.18680.0989-0.05820.13830.0539-0.03040.04360.03850.07482.6396-16.969536.2566
26.3461-6.3636-5.06346.40355.20564.77280.1336-0.29760.20430.1230.1984-0.1695-0.0640.8834-0.3320.15370.0788-0.06790.2094-0.03050.17689.9497-18.747740.3396
30.5174-0.19030.18140.48190.04631.4156-0.01640.0156-0.02550.0495-0.0197-0.01730.05880.04050.03610.12890.0055-0.0090.10680.00810.1042-0.826-12.986630.8949
40.5335-0.4810.22792.1526-0.94355.0680.1047-0.05410.03240.0056-0.2683-0.2199-0.3290.4030.16360.1327-0.0263-0.01240.14410.00210.11022.55150.507525.0152
51.3770.2996-1.05761.50041.06834.32040.03140.01960.02590.0127-0.02220.144-0.0602-0.3525-0.00920.02810.1004-0.06550.07370.04210.0586-10.3026-7.143825.4441
60.88920.49410.51570.6592-0.32631.2755-0.07760.2930.0061-0.15210.21380.0220.03710.0198-0.13620.12950.0139-0.00770.1735-0.04360.11356.2132-3.1818-1.5111
71.8323-0.30510.33852.71690.80432.88380.02050.06810.112-0.2756-0.21690.2677-0.18890.00180.19650.10780.0128-0.02880.1793-0.00770.0468-0.76862.3178-1.4309
80.38260.19150.6710.92760.50231.21020.09320.0012-0.0542-0.0199-0.150.0379-0.0956-0.14090.05680.11980.0055-0.00850.1435-0.02990.121-8.5209-5.23418.0085
94.0063-0.790.44612.76151.8712.29910.20390.21950.0989-0.2293-0.2237-0.1685-0.0619-0.10070.01990.1154-0.01510.02280.04230.07410.062115.303630.03923.0552
100.5575-0.4333-0.40461.7849-0.3170.56910.2064-0.42370.1332-0.1404-0.15010.1406-0.2906-0.5467-0.05620.1430.05560.01580.16260.03740.09189.144335.09393.4385
111.0672-0.37330.06572.18330.56830.51210.0480.05650.02510.0203-0.0222-0.0919-0.009-0.0036-0.02580.08870.00270.02060.1270.05820.091818.335422.83934.2181
120.9727-0.6921.27044.45950.63652.85350.0585-0.1902-0.01660.36520.01370.25110.0905-0.1486-0.07220.1359-0.00370.0470.10970.04320.082414.246114.821816.1724
130.60790.418-0.0493.10131.17993.6681-0.02280.001-0.09010.1602-0.1333-0.3582-0.07170.39560.1561-0.0440.0443-0.05980.12680.10830.100427.546317.163710.0776
141.07920.5638-1.56291.5462-0.48372.3519-0.02060.2119-0.0786-0.0649-0.017-0.07110.1678-0.12150.03760.09020.05080.00930.1909-0.01740.09413.1891-10.5384.5221
151.83550.7349-0.11440.35890.49464.5265-0.0792-0.0963-0.13250.0302-0.012-0.09820.32940.12940.09120.13430.06760.03610.10550.01650.12820.0261-11.76779.6817
160.8696-0.39980.36390.60340.5671.43760.0197-0.0297-0.0721-0.0745-0.003-0.0526-0.03910.059-0.01670.10230.02210.01530.13330.03360.125226.7003-1.28367.2065
170.17430.45880.26471.42990.13291.8309-0.0145-0.4377-0.13990.0832-0.0063-0.00840.0762-0.01360.02080.05940.0016-0.01940.1395-0.01010.100213.03540.295159.2761
1813.9819-7.2148-4.963410.77876.21173.65070.53690.285-0.58720.3403-0.62740.4860.5231-0.45890.09050.2232-0.0692-0.02750.18470.18750.10146.6402-4.722659.4405
190.9260.015-0.19391.17030.31520.64150.02080.0133-0.0190.0770.0401-0.01130.07070.0147-0.06090.09680.0015-0.01860.1292-0.0020.111216.55246.493657.1639
202.3547-2.3307-1.67492.40361.51361.40630.05060.2523-0.213-0.23370.13180.2428-0.0309-0.2196-0.18240.1103-0.0227-0.02950.15970.02270.13814.012815.937945.6352
211.1794-0.50.32171.77950.50391.24260.01050.06440.05370.02660.028-0.21850.14810.0376-0.03850.003-0.05870.02830.12130.00470.093723.835116.344753.2479
221.0255-1.01551.10991.1114-1.68764.4789-0.148-0.05230.08430.00430.1917-0.1605-0.34970.0878-0.04370.0752-0.0408-0.01160.188-0.01970.09869.263740.921157.4785
231.6164-0.29990.93092.93531.91513.9941-0.07990.00030.1566-0.3214-0.092-0.1767-0.2230.02780.17180.0687-0.0360.01450.1262-0.00550.137817.219842.347851.4677
241.41590.8358-0.18082.98620.92920.61670.02390.00750.01810.03290.0567-0.1647-0.00390.0985-0.08050.0848-0.00510.00370.1505-0.01240.101724.068930.766356.489
252.0697-0.6685-0.33772.83360.40463.047-0.04380.48990.55010.04690.06380.0089-0.19830.3793-0.02010.0891-0.07290.01140.1770.0386-0.0141.676246.012424.528
262.61721.17970.78021.0329-0.07085.3132-0.04220.26760.2031-0.09080.0069-0.2697-0.06070.11010.03530.1486-0.04970.01910.06440.03330.06023.323147.769423.1071
270.61180.1566-0.0650.6826-0.06681.425-0.06560.0547-0.012-0.09240.0281-0.0249-0.0175-0.13390.03750.1407-0.00720.01540.1371-0.00670.0678-3.841740.992231.0151
282.00111.11081.52591.3274-0.36593.2334-0.0940.1467-0.1777-0.07950.0364-0.2110.3670.20670.05760.18570.010.04250.1004-0.00110.09811.126828.64334.8072
290.9995-0.35130.38710.85720.15532.2272-0.0799-0.0232-0.1465-0.1470.1223-0.0065-0.0183-0.2689-0.04240.0537-0.07850.05250.1061-0.00610.098-10.195534.846937.3356
300.7694-1.25210.07372.4715-0.37710.1595-0.0532-0.0150.08780.2304-0.07880.01110.0228-0.02770.1320.07770.0141-0.00050.1608-0.0260.13412.452332.788163.1723
311.3473-0.21010.27973.07970.47110.8548-0.0952-0.1182-0.16850.12730.08330.1843-0.03680.07420.0120.08060.0020.03120.13650.01680.1147-4.126626.177361.6513
320.84050.2481-0.5131.0421-0.65771.45340.06380.0592-0.01860.0355-0.1420.0504-0.0371-0.21630.07820.09850.00070.00250.1488-0.00940.1135-11.380932.809452.9709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 192 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2AA20 - 4120 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3AA42 - 15442 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4AA155 - 182155 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5AA183 - 213183 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6AA214 - 245214 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7AA246 - 290246 - 290
8X-RAY DIFFRACTION8AA291 - 337291 - 337
9X-RAY DIFFRACTION9BB2 - 192 - 19
10X-RAY DIFFRACTION10BB20 - 4520 - 45
11X-RAY DIFFRACTION11BB46 - 15046 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12BB151 - 182151 - 182
13X-RAY DIFFRACTION13BB183 - 213183 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14BB214 - 247214 - 247
15X-RAY DIFFRACTION15BB248 - 284248 - 284
16X-RAY DIFFRACTION16BB286 - 337286 - 337
17X-RAY DIFFRACTION17CC2 - 202 - 20
18X-RAY DIFFRACTION18CC25 - 4125 - 41
19X-RAY DIFFRACTION19CC42 - 15342 - 153
20X-RAY DIFFRACTION20CC154 - 182154 - 182
21X-RAY DIFFRACTION21CC183 - 218183 - 218
22X-RAY DIFFRACTION22CC219 - 245219 - 245
23X-RAY DIFFRACTION23CC246 - 290246 - 290
24X-RAY DIFFRACTION24CC291 - 337291 - 337
25X-RAY DIFFRACTION25DD2 - 202 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26DD25 - 6225 - 62
27X-RAY DIFFRACTION27DD63 - 15063 - 150
28X-RAY DIFFRACTION28DD151 - 182151 - 182
29X-RAY DIFFRACTION29DD183 - 218183 - 218
30X-RAY DIFFRACTION30DD219 - 245219 - 245
31X-RAY DIFFRACTION31DD246 - 285246 - 285
32X-RAY DIFFRACTION32DD286 - 337286 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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