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- PDB-2oc4: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oc4
タイトルCrystal structure of human purine nucleoside phosphorylase mutant H257D with Imm-H
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / nucleoside binding / Purine catabolism / guanosine phosphorylase activity / allantoin metabolic process / Purine salvage / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IMH / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.592 Å
データ登録者Rinaldo-Matthis, A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Neighboring Group Participation in the Transition State of Human Purine Nucleoside Phosphorylase
著者: Murkin, A.S. / Birck, M.R. / Rinaldo-Matthis, A. / Shi, W. / Taylor, E.A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02022年10月5日Group: Atomic model / Structure summary / カテゴリ: atom_site / chem_comp
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5233
ポリマ－32,1621
非ポリマー3612
水86548
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5699
ポリマ－96,4853
非ポリマー1,0846
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area31540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.974, 142.974, 168.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / E.C.2.4.2.1 / Inosine phosphorylase / PNP


分子量: 32161.818 Da / 分子数: 1 / 断片: purine nucleoside phosphorylase / 変異: H257D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NP, PNP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-IMH / 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL / Forodesine / Immucillin H / インムシリンH


分子量: 266.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 4.0 M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.592→30 Å / Num. all: 20698 / Num. obs: 20554 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 0.675 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.592→2.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1945 / Rsym value: 0.62 / Χ2: 0.383 / % possible all: 94.6

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.378 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.749
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å29.6 Å
Translation3 Å29.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RR6

1rr6


解像度: 2.592→29.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.945 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1051 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.207 20731 --
obs0.207 20551 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.592→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 24 48 2308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2191.973132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4575285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29523.645107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.19615383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7281517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3350.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.360.21585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.87821438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.15832278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6612975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5463854
LS精密化 シェル解像度: 2.592→2.659 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 70 -
Rwork0.32 1273 -
obs-1343 90.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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